交通局工程款拖欠且合同丢失，依然有办法主张并讨要工程款。以下是对此问题的详细分析：

一. 合同丢失后的应对措施

1. 收集其他证据

   • 往来邮件、短信、聊天记录：这些通信记录中可能包含关于工程进度、变更要求、工程款支付等方面的信息，可以作为证明合同关系及工程款数额的间接证据。
   • 证人证言：如果有知晓工程情况的证人，可以请其出具书面证言，详细说明工程的具体状况以及欠款的事实。
   • 书面材料：如验收报告、结算单等，这些文件能明确工程是否合格完工以及工程的款项结算情况。

2. 协商与调解

   • 直接协商：尽管合同丢失，但仍可以尝试与交通局直接沟通，说明情况并寻求解决方案。
   • 申请调解：如果协商无果，可以向第三方机构申请调解，以快速解决纠纷。

二. 法律途径

1. 提起诉讼

   • 起诉条件：根据“谁主张谁举证”的原则，原告需要向法院提交相关证据以证明其主张。在合同丢失的情况下，可以提交上述收集的其他证据来支持自己的诉求。
   • 诉讼时效：根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。因此，如果工程款被拖欠，应在三年内提起诉讼以保护自己的权益。
   • 诉讼程序：包括提交起诉书、提交相关材料、填写证据清单、办理立案手续、预交案件受理费等步骤。立案后，案件将由法院排期开庭，并最终作出判决。

2. 申请仲裁

   • 仲裁协议：如果双方在合同中约定了仲裁条款，或者在纠纷发生后达成了请求仲裁的协议，那么可以通过仲裁方式解决拖欠工程款的纠纷。
   • 仲裁程序：仲裁具有一裁终局的特点，相较于诉讼可能更为高效。

三. 特殊情况的应对

• 工程款优先支付：根据《中华人民共和国民法典》第八百零七条，如果发包人逾期不支付工程款，且建设工程性质允许，承包人可以与发包人协商将工程折价，或者请求人民法院将工程依法拍卖。在此情况下，建设工程的价款将优先从工程折价或拍卖的价款中受偿。

我的建议：

• 立即行动：考虑到诉讼时效的限制，应尽快采取行动以保护自己的权益。
• 全面收集证据：除了上述提到的证据外，还可以考虑收集其他与工程相关的证据以加强自己的主张。
• 咨询专业律师：在处理此类复杂纠纷时，咨询专业律师以获得更具体的法律建议和策略是非常重要的。

如有进一步需要，您可以继续咨询我。