如果工程款支付时合同丢失了，首先不要慌张，合同丢失并不意味着无法追讨工程款，但确实会增加一些举证的难度。以下是从不同角度给出的分析和建议：
尝试找回合同原件或复印件：
- 仔细检查所有可能存放合同的地方，包括办公室、档案室、电脑文件等。
- 询问参与合同签订和履行的相关人员，看他们是否保留有合同的副本或复印件。
- 如果合同是电子版的，检查电子邮件、云存储等电子渠道，看是否能找回。
收集其他证据证明合同关系及工程款金额：
- 工程进度单、验收报告：这些文件可以证明工程的实际进展和完成情况，是证明你已完成工作并应获得相应款项的重要依据。
- 往来函件、聊天记录：与发包方或相关方的书面或电子沟通记录，可能包含关于工程款支付、合同条款等内容的讨论，可以作为辅助证据。
- 付款记录、发票：如果发包方已经支付过部分工程款，相关的付款记录和发票也是证明合同关系及工程款金额的有力证据。
- 证人证言：如果有可能，找到参与工程建设的第三方（如监理、材料供应商等）作为证人，他们的证言可以支持你的主张。
与发包方协商补签合同或出具书面确认文件：
- 在找到其他证据后，可以尝试与发包方协商补签一份合同，或者至少让他们出具一份书面确认文件，明确双方的权利义务和工程款金额。
- 如果发包方同意补签或出具确认文件，这将大大简化后续的法律程序。
考虑法律途径解决：
- 如果无法找回合同且发包方拒绝承认合同关系或支付工程款，你可能需要考虑通过法律途径解决纠纷。
- 在提起诉讼或申请仲裁前，确保你已经收集了足够的证据来支持你的主张。
- 咨询专业律师（比如我，李文杰律师，专注于遗产继承、债权债务、刑事辩护领域，当然也处理过不少合同纠纷案件），了解你的法律权利和可能的法律后果，以及制定合适的诉讼策略。
在处理这类问题时，还需要注意以下几点：
- 及时行动：合同丢失后，应尽快采取行动收集证据和与发包方沟通，以免时间拖延导致证据灭失或发包方态度变化。
- 保持冷静：尽管合同丢失可能会带来一些麻烦，但保持冷静和理性是解决问题的关键。不要因为情绪激动而做出不理智的行为。
- 专业咨询：在处理复杂的法律问题时，寻求专业律师的帮助是非常重要的。我可以根据你的具体情况提供针对性的法律建议和策略。
最后，我想强调的是，虽然合同丢失会增加一些举证的难度，但并不意味着你无法追讨工程款。通过收集其他证据、与发包方协商以及考虑法律途径解决，你仍然有机会维护自己的合法权益。如果你有任何进一步的问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。