结论：在编员工干副业被罚款是否合法不能一概而论，需分情况讨论。
若单位规章制度或劳动合同有明确规定且合法：
- 根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。如果单位规章制度中明确规定员工不得从事副业，或者从事副业将受到罚款等处罚，且该规章制度经过民主程序制定、已告知员工，那么员工违反规定从事副业，单位依据规章制度进行罚款，在合法范围内（罚款金额需符合法律规定，一般不得超过当月工资的20%），这种罚款行为是合法的。
- 例如，某事业单位在员工手册中明确规定，在编员工不得在外兼职，否则将处以一定金额的罚款。若该员工手册经过职工代表大会讨论通过，并向员工进行了公示，员工也签字确认知晓，那么员工违反规定从事副业，单位依据手册进行罚款就是合法的。
若单位规章制度或劳动合同无相关规定，或规定不合法：
- 如果单位没有在规章制度或劳动合同中明确规定员工不得从事副业以及相应的处罚措施，或者规章制度制定程序不合法（如未经民主程序制定、未告知员工等），那么单位对员工从事副业进行罚款就是不合法的。
- 例如，某单位突然出台规定，要求所有在编员工不得从事副业，否则罚款，但该规定未经职工代表大会讨论，也未向员工公示，员工对此并不知情，那么单位依据此规定对员工进行罚款就是不合法的。
若副业违反法律法规或职业道德：
- 如果员工从事的副业本身违反了国家法律法规（如从事非法传销、贩卖违禁品等）或者违反了职业道德（如医生在外兼职进行不正当医疗行为、教师在外兼职进行有偿补课且违反相关规定等），那么单位不仅有权对员工进行罚款，还有权依据相关规定解除劳动合同，甚至员工还可能面临行政处罚或刑事责任。
- 例如，某医院在编医生利用业余时间在外进行非法行医活动，被相关部门查处，那么医院不仅有权依据内部规定对医生进行罚款，还有权解除与该医生的劳动合同，同时该医生还可能面临卫生行政部门的行政处罚。