关于雇主责任险投保单中的“特别约定”是否为格式条款的问题，这确实是一个涉及保险法与合同法的关键议题。以下是对此问题的详细解答：

首先，我们需要明确什么是格式条款。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，格式条款是当事人为了重复使用而预先拟定，并在订立合同时未与对方协商的条款。这类条款通常由一方（通常是提供商品或服务的一方）事先制定，并在多份合同中重复使用，另一方（通常是消费者或接受服务的一方）在订立合同时只能表示接受或不接受，而无法对条款内容进行协商或修改。

接下来，我们分析“特别约定”在雇主责任险投保单中的性质。从实践中的案例来看，如上海金融法院处理的某农业公司诉某保险公司雇主责任险拒赔案，法院明确指出，涉案“特别约定”中的免责条款，虽然被放置在保单的特别约定处，但本质上仍系格式条款。这是因为该条款是保险公司单方制作、打印，并重复使用而预先拟定的，且保险公司未能充分证明投保人在合同关系成立时知晓并认可该条款。

进一步地，我们需要考虑“特别约定”中免责条款的效力问题。根据《中华人民共和国保险法》的规定，对保险合同中免除保险人责任的条款，保险人在订立合同时应当在投保单、保险单或者其他保险凭证上作出足以引起投保人注意的提示，并对该条款的内容以书面或者口头形式向投保人作出明确说明。如果保险人未履行这一义务，则该免责条款不产生效力。

对于投保人而言，在签订雇主责任险投保单时，应仔细阅读“特别约定”部分的内容。如果对其中的条款无法认可或存在疑问，应及时与保险公司提出需进一步协商细化或修改，以保障自身的合法权益。

对于保险公司而言，要使“特别约定”中的条款发生效力，就必须与投保人进行充分的磋商并形成合意。如果保险公司无法证明“特别约定”存在合意，或者未能在合同订立时履行对免责条款的提示和明确说明义务，则该特别约定可能被法院认定对投保人没有约束力。

综上所述，雇主责任险投保单中的“特别约定”在本质上仍可能是格式条款，其效力取决于保险公司是否履行了相应的提示和明确说明义务，以及投保人与保险公司之间是否存在磋商的合意。因此，在签订保险合同时，双方都应谨慎对待“特别约定”部分的内容，确保合同的公平性和合法性。