雇主责任险理赔时，特别约定确实具有优先适用的效力，但前提是特别约定必须合法有效，且对投保人尽到了明确的说明义务。具体分析如下：

一. 特别约定的优先效力

• 法律依据：根据保险法的一般原则，特别约定优于一般条款。在雇主责任险中，如果保险单附件中的特别约定与保险条款中的一般规定发生冲突，应以特别约定为准。
• 实例说明：如甲工程公司投保的雇主责任险中，保险条款约定了赔偿范围，但保险单附件中特别约定了赔偿范围与社保中“工伤保险”不冲突，且属于劳动行政管理部门认定的工伤事故均属于保险责任范围。在此情况下，若员工发生工伤事故，保险公司应依据特别约定进行赔付。

二. 特别约定的合法性及说明义务

• 法律依据：《中华人民共和国保险法》第十七条规定，对保险合同中免除保险人责任的条款，保险人在订立合同时应当在投保单、保险单或者其他保险凭证上作出足以引起投保人注意的提示，并对该条款的内容以书面或者口头形式向投保人作出明确说明；未作提示或者明确说明的，该条款不产生效力。
• 实例分析：若保险公司单方面在特别约定中加入免除自己责任的条款，且未向投保人进行明确说明，则该条款可能被视为无效。如上海金融法院审理的某农业公司诉某保险公司雇主责任险拒赔案中，保险公司因未能在保险合同订立时向投保人明确说明“特别约定”中的免责条款，导致该条款不产生效力，保险公司最终被判赔付保险金。

三. 我的观点

• 在处理雇主责任险理赔时，应首先审查保险单中的特别约定，确认其是否合法有效，并是否对投保人尽到了明确的说明义务。如果特别约定合法有效且对投保人进行了明确说明，那么保险公司应依据特别约定进行赔付。
• 同时，投保人在投保时也应仔细阅读保险单中的特别约定，确保自己了解并同意其中的内容。如有异议，应及时与保险公司沟通并协商修改。

综上所述，雇主责任险理赔时确实会优先考虑特别约定的内容，但前提是特别约定必须合法有效且对投保人尽到了明确的说明义务。如有进一步需要，您可以继续咨询我。