公司专项集体合同不能仅通过举手表决通过。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律程序要求

根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，公司专项集体合同的订立、变更、解除或终止，应当遵循法定程序。这通常包括：

1. 协商准备：双方代表（如企业方和职工方）应就合同内容进行充分协商前的准备，包括收集意见、确定协商议题等。
2. 正式协商：双方代表在平等、自愿的基础上，就合同条款进行协商，形成协商纪要或草案。
3. 审议通过：审议通过环节通常要求采用更为正式和严谨的方式，如职工代表大会或全体职工讨论通过，而非简单的举手表决。这是因为专项集体合同涉及职工切身利益，需要确保每位职工的意见都能得到充分表达和尊重。
4. 签字盖章：经审议通过后，双方代表在合同上签字盖章，合同即告成立。

二、举手表决的局限性

举手表决虽然简便易行，但在涉及公司专项集体合同这类重要事项时，存在以下局限性：

1. 难以保证公正性：举手表决可能受到现场氛围、群体压力等因素的影响，导致部分职工的真实意愿无法得到准确表达。
2. 缺乏详细记录：举手表决通常没有详细的记录，难以在后续出现争议时作为证据使用。
3. 不符合法定程序：如前所述，法律对专项集体合同的审议通过程序有明确要求，举手表决可能无法满足这些要求。

三、建议与注意事项

1. 遵循法定程序：在订立、变更、解除或终止公司专项集体合同时，务必遵循法定程序，确保合同的合法性和有效性。
2. 充分协商与沟通：在协商过程中，双方代表应充分沟通、交换意见，确保合同条款能够反映双方的共同意愿和利益。
3. 采用正式审议方式：在审议通过环节，建议采用职工代表大会或全体职工讨论等正式方式，确保每位职工的意见都能得到充分表达和尊重。
4. 保留详细记录：在协商、审议过程中，应保留详细的记录，包括协商纪要、审议记录等，以备后续查阅和使用。

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