结论：针对水果不合格被罚款、没收并要求整改的情况，供应商是否会被处罚需结合具体违法情形、法律规定及执法实践综合判断，可能存在以下两种情形：
1. 若供应商存在直接违法行为，可能被单独处罚
根据《食品安全法》《农产品质量安全法》等规定，若供应商存在以下行为，可能被行政机关直接处罚：
- 提供不合格原料：如供应商提供的水果本身存在农药残留超标、重金属污染等质量问题，且能证明其主观过错（如未履行进货查验义务），可能被处以警告、罚款、没收违法所得等处罚；
- 伪造或篡改检测报告：若供应商故意提供虚假合格证明，可能被认定为“欺诈”或“妨碍执法”，面临更严厉的处罚；
- 明知故犯：若供应商明知采购方无合法资质仍向其供货，可能被认定为“共同违法”，需承担连带责任。
法律依据：
- 《食品安全法》第123条：对经营病死、毒死或死因不明的动物肉类，最高可处货值金额30倍罚款；
- 《农产品质量安全法》第50条：对销售农药、兽药等化学物质残留超标的农产品，可处2000元以上2万元以下罚款。
2. 若供应商无直接过错，可能仅承担连带责任或不被处罚
若供应商能证明其已履行法定义务（如索要合格证明、建立进货台账），且不合格问题源于采购方储存或加工环节（如温度控制不当导致腐烂），则供应商可能免于处罚，但需配合调查并提供证据。
例外情形：
- 合同约定：若采购合同中明确约定供应商对终端产品质量负责，则采购方可能依据合同向供应商追偿；
- 行政推定：在执法实践中，若无法明确区分责任主体，行政机关可能对供应链各环节均进行处罚，但供应商可通过行政复议或诉讼主张免责。
实务建议
- 供应商：应保留进货凭证、检测报告等证据，证明自身已履行查验义务；
- 采购方：若被处罚后认为供应商应担责，可依据《民法典》第577条（违约责任）或第1203条（产品责任）向供应商追偿；
- 行政相对人：若对处罚决定不服，可在60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼。
提示：具体案件需结合水果不合格的原因（如天然缺陷、人为污染）、供应链各环节的过错程度及地方执法标准综合判断。如有进一步细节，可直接向我咨询。