结论前置：针对员工不同意垫付款走工资卡的情况，可采取以下措施处理：
协商解决
首先，建议企业与员工进行友好协商，了解员工不同意的原因。若员工因担心个人财务隐私、税务问题或对垫付款性质存在误解而拒绝，企业可通过解释政策、明确垫付款用途及归还方式（如提供书面说明），消除员工顾虑。协商时需注意保留沟通记录（如邮件、聊天记录），以备后续争议。
调整支付方式
若协商无果，企业可考虑调整垫付款的支付方式。例如：
- 现金支付：适用于小额垫付，但需员工签署收款确认单，避免后续纠纷；
- 第三方支付：通过银行转账至员工指定账户（非工资卡），需员工提供书面授权；
- 报销制：将垫付款转为报销款，员工凭发票报销，资金不直接进入工资卡。
调整方式需符合企业财务制度，并确保流程透明。
- 完善制度与合同
企业应在劳动合同或规章制度中明确垫付款的支付方式、用途及归还义务。例如：
- 规定垫付款“优先从工资中扣除”或“通过指定账户支付”；
- 要求员工签署《垫付款协议》，明确双方权利义务；
- 在员工入职时告知财务流程，避免事后争议。
若制度未明确，企业可能面临被动局面，因此提前规范是关键。
- 法律风险防范
若员工坚持拒绝且协商、调整均无效，企业需谨慎处理：
- 不得强制扣款：未经员工同意，企业无权单方面从工资卡扣款，否则可能构成违法扣薪（《工资支付暂行规定》第15条）；
- 追偿途径：若垫付款属于员工应承担的费用（如因个人过失导致的损失），企业可通过劳动仲裁或诉讼追偿，但需提供充分证据（如损失证明、员工过错依据）；
- 避免冲突升级：处理过程中需保持程序合法，避免因手段不当引发劳动纠纷。
核心前提：本问题涉及劳动关系中的财务处理，需兼顾企业财务管理需求与员工合法权益，核心在于通过合法、合规的方式解决支付方式分歧。
如有具体案例或合同条款需进一步分析，可直接向我提问。