员工提出离职并表示要申请劳动仲裁时，企业应首先明确员工离职的原因及企业自身是否存在违法行为，再据此采取相应措施。以下从不同角度进行分析：
一、若企业存在违法行为，员工有权申请劳动仲裁
违法行为类型：
- 未及时足额支付劳动报酬；
- 未依法为劳动者缴纳社会保险费；
- 违反法律法规规定，损害劳动者权益的其他行为。
员工权利：
- 员工有权因此提出离职，并申请劳动仲裁，要求企业支付经济补偿、赔偿金等；
- 员工需留存劳动合同、工资条、工作证等相关证据，以证明与用人单位存在劳动关系及企业的违法行为。
企业应对措施：
- 立即自查并纠正违法行为，如补发工资、补缴社保等；
- 与员工沟通，尝试协商解决，避免劳动仲裁的发生；
- 若协商无果，应积极准备应诉材料，配合劳动仲裁机构的审理。
二、若企业不存在违法行为，员工无理由离职并申请劳动仲裁
员工行为性质：
- 若员工无合理理由离职，并试图通过劳动仲裁获取不当利益，可能构成滥用劳动仲裁权利。
企业应对措施：
- 收集证据，证明企业不存在违法行为，如工资发放记录、社保缴纳证明等；
- 在劳动仲裁过程中，积极应诉，反驳员工的无理诉求；
- 若员工的行为给企业造成损失，企业可考虑通过法律途径追究员工的责任。
三、劳动仲裁流程及注意事项
劳动仲裁流程：
- 员工向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会递交仲裁申请；
- 仲裁委员会受理申请后，会安排开庭审理；
- 仲裁委员会依法作出裁决，员工和企业需遵守裁决结果。
注意事项：
- 企业应确保在劳动仲裁过程中提供真实、完整的证据；
- 企业应遵守劳动仲裁机构的程序规定，积极配合审理；
- 若对裁决结果不满意，企业可在规定期限内提起诉讼。
四、建议与预防措施
完善企业管理制度：
- 建立健全的工资支付、社保缴纳等管理制度，确保企业行为合法合规；
- 定期对企业管理进行自查，及时发现并纠正潜在问题。
加强员工沟通与培训：
- 加强与员工的沟通，及时了解员工的需求和意见；
- 定期对员工进行劳动法律法规培训，提高员工的法律意识。
建立劳动争议预警机制：
- 设立劳动争议预警小组，负责监测和处理潜在的劳动争议；
- 制定劳动争议应急预案，确保在争议发生时能够迅速、有效地应对。
若遇到员工离职并表示要申请劳动仲裁的情况，企业应保持冷静，根据实际情况采取相应的应对措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。