结论：刑事案件两年后转交工商行政处罚，时效是否已过不能一概而论，需结合具体情况判断。
一、行政处罚追诉时效的基本规定
根据《行政处罚法》第三十六条，行政处罚的追诉时效分为一般期限和特殊期限。一般期限是两年，特殊期限是五年或者法律规定的其他期限。期限的始点从违法行为发生之日起计算，违法行为有连续或继续状态的，从行为“终了”之日起计算，期限的终点是违法行为被发现之日。
二、刑事转行政案件中追诉时效的认定难点
在刑事转行政处罚案件中，由于刑事程序需要经过较长的时间才转入到行政程序，在行政处罚办理阶段，从违法行为发生之日起计算，时间往往已超过行政处罚法规定的处罚限期。由于行政处罚法并未规定处罚期限的中止、中断、终止、延长，行政处罚的追诉时效能否因为刑事程序而中止、中断就成为疑问，这也是刑行衔接实践中经常出现的问题。
三、不同观点及实践做法
不变期限观点：有学者指出行政处罚法第三十六条的规定是行政处罚追责期限，是一种“时效”以外的“期限”，适用不变期限，不适用期间的中止和中断，除非法律特别规定。如果采纳这种观点，那么对于未追究刑事责任而仍需追究行政处罚的违法行为而言，将因超过期限而无法追责。
借鉴刑法观点：由于行政违法行为和刑事犯罪行为所侵害的法益基本相同，行政处罚可以借用和吸收刑法所规定诉讼时效。根据《刑法》第八十八条的规定，在行政处罚中，如果借鉴这个规定，那么刑事立案、受理就成为行政追诉时效的一个延长的理由，追诉时效暂时停止执行，行政机关对行为人的处罚行为将不再受追诉时效的限制。但这样的理解存在问题，因为刑法条文的规定中，第一款能够适用诉讼时效的延长，必须满足检察院、公安机关、国家安全机关已立案侦查或者法院受理了案件，且行为人逃避侦查或者审判两个条件。因此，当行为人逃避侦查或者审判的行为结束，时效的延长就应当结束，追诉时效恢复执行。同理，当刑事程序结束后，行政追诉时效就应当恢复执行。
借鉴其他地区立法观点：
四、实践中的一般做法
司法实践中，一般都会依照司法判决对相关违法行为追究行政处罚责任。这主要是基于行政违法行为和刑事犯罪行为所侵害的法益基本相同，以及为了维护社会秩序和公平正义的考虑。
五、建议
具体案件具体分析：由于每个案件的具体情况不同，包括违法行为的性质、持续时间、是否被发现以及刑事程序的进展等，因此无法一概而论地说刑事案件两年后转交工商行政处罚时效是否已过。需要具体分析每个案件的情况。
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关注法律动态：由于法律和司法实践可能会随着时间和社会的变化而发生变化，因此建议关注相关的法律动态和司法解释，以便及时了解最新的法律规定和实践做法。