在工程款不明朗的前提下，农民工依然有权起诉要求支付工资，这是受法律保护的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律权利基础
农民工作为劳动者，享有获得劳动报酬的基本权利。根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。即使工程款不明朗，这并不影响农民工主张其应得的工资。工程款的问题更多是涉及建设单位与施工单位之间的经济纠纷，与农民工的工资支付是两个独立的法律关系。
二、起诉的法律依据与流程
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
起诉流程：
- 准备证据：农民工需要收集并整理能够证明其与用人单位存在劳动关系、以及用人单位拖欠工资的证据，如劳动合同、工资条、考勤记录、工作证等。
- 提交起诉状：向有管辖权的法院提交起诉状，明确诉讼请求（如要求支付拖欠的工资及可能的违约金或赔偿金）、事实与理由，并附上相关证据。
- 参与诉讼：在法院受理案件后，农民工需要按照法院的通知参与诉讼活动，包括庭前准备、出庭应诉等。
三、可能面临的挑战与应对策略
证据收集困难：
- 在工程款不明朗的情况下，用人单位可能以各种理由拒绝提供工资支付的相关证据。农民工应尽可能收集并保存与工作相关的所有证据，包括书面合同、口头协议的录音、同事的证言等。
- 如果用人单位拒绝提供工资条或考勤记录等，农民工可以要求用人单位出具书面说明，并保留好该说明作为证据。
用人单位财产转移或隐匿：
- 为了避免支付工资，用人单位可能会转移或隐匿财产。农民工在起诉前可以申请法院进行财产保全，冻结用人单位的银行账户或其他财产，以确保判决后能够顺利执行。
执行难问题：
- 即使农民工胜诉，也可能面临执行难的问题。此时，农民工可以申请法院强制执行，包括查封、扣押、拍卖用人单位的财产等。同时，农民工还可以向法院申请将用人单位列入失信被执行人名单，对其信用进行惩戒。
四、建议与注意事项
- 及时行动：一旦发现工资被拖欠，农民工应尽快采取行动，避免超过诉讼时效。
- 寻求法律援助：如果农民工在起诉过程中遇到困难或不确定如何操作，可以寻求法律援助或咨询专业律师（比如我，董光辉律师，就专注于此类案件）。
- 保持沟通：在起诉过程中，农民工应保持与法院和用人单位的沟通，及时了解案件进展和执行情况。
综上所述，在工程款不明朗的前提下，农民工依然有权起诉要求支付工资。通过合法途径维护自己的权益是每位劳动者的权利，也是社会公平正义的体现。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。