在工地上因加班工资问题申请仲裁，选择仲裁总包还是分包，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、劳动关系认定是关键
若与总包建立劳动关系：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，劳动者与用人单位建立劳动关系后，用人单位有义务按时足额支付劳动报酬，包括加班工资。
- 如果您与总包签订了劳动合同，或者能够证明与总包存在事实劳动关系（如工资发放记录、工作证、考勤记录等），那么您应当向总包主张加班工资，并在仲裁时选择总包作为被申请人。
若与分包建立劳动关系：
- 同样地，如果与分包签订了劳动合同，或者能够证明与分包存在事实劳动关系，那么您应当向分包主张加班工资，并在仲裁时选择分包作为被申请人。
- 在这种情况下，分包作为您的直接用人单位，有义务支付您的加班工资。
二、考虑实际用工情况
总包直接用工：
- 如果总包直接雇佣您在工地上工作，并负责您的工资发放和考勤管理，那么您与总包之间的劳动关系明确，应当向总包主张加班工资。
分包实际用工：
- 如果分包从总包处承包了部分工程，并实际雇佣您进行施工，那么您与分包之间的劳动关系更为直接。在这种情况下，即使总包是项目的总承包方，您也应当向分包主张加班工资。
三、法律责任与连带责任
分包违法分包时的责任：
- 如果分包存在违法分包行为（如将工程分包给不具备相应资质的单位或个人），且因此导致您的加班工资未得到支付，那么总包可能因违法分包而承担连带责任。但这种情况下，您仍然需要首先确定与哪个单位建立了劳动关系，并据此选择仲裁对象。不过，在仲裁或诉讼过程中，您可以考虑将总包和分包列为共同被申请人或被告，以更好地维护自己的权益。
总包对分包的监管责任：
- 虽然总包对分包有一定的监管责任，但这并不意味着总包会直接承担分包拖欠工资的责任。除非总包存在过错或违法行为（如未按时支付工程款导致分包无法支付工资），否则总包通常不会因分包的拖欠工资行为而直接承担责任。
四、建议与操作
收集证据：
- 在决定仲裁对象之前，建议您先收集相关证据，如劳动合同、工资发放记录、考勤记录、工作证等，以证明您与哪个单位建立了劳动关系。
咨询与仲裁：
- 如果您仍然无法确定仲裁对象，或者对仲裁程序不熟悉，可以向我咨询。我会根据您的具体情况和证据材料，为您提供专业的法律建议和仲裁策略。
- 在确定仲裁对象后，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并按照仲裁程序进行后续操作。
总结来说，在工地上因加班工资问题申请仲裁时，选择仲裁总包还是分包需根据您与哪个单位建立了劳动关系来判断。如果您无法确定或存在疑问，建议及时咨询专业律师以获取更准确的法律建议。