公司扣押工资将面临多方面的法律惩罚，以下从不同角度为您详细分析：
一、行政责任
责令补发工资及支付赔偿金
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动行政部门有权责令公司在规定期限内全额补发被扣押的工资。
- 若公司逾期未支付，还需按照应付金额的百分之五十以上至百分之一百以下的标准向员工加付赔偿金。例如，若扣押工资为10000元，逾期未支付则可能需额外支付5000元至10000元的赔偿金。
行政处罚
- 劳动行政部门可对公司处以罚款，罚款金额可能根据所欠薪酬总和的一定比例确定，如一至五倍。
- 此外，公司还可能面临其他行政处罚措施，如责令改正、通报批评等。
二、民事责任
经济补偿
- 若公司扣押工资导致员工解除劳动合同，根据《劳动合同法》的规定，公司需按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付经济补偿。
- 六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
损害赔偿
- 若公司扣押工资的行为给员工造成了其他实际损失，如因无法及时支付房租、医疗费用等导致的额外支出，员工可以依法要求公司承担相应的损害赔偿责任。
三、刑事责任（情节严重时）
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，若公司以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬，或者有能力支付而不支付，数额较大且经政府有关部门责令支付仍不支付的，将构成拒不支付劳动报酬罪。
- 犯此罪的，可能面临三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的刑事处罚。若造成严重后果，如导致员工生活极度困难、引发社会不稳定因素等，将处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
四、对企业的影响
- 扣押员工工资不仅违法，还会对企业的社会形象造成负面影响，降低员工对企业的信任度和忠诚度。
- 长期以往，可能影响员工的工作热情和企业的整体运营效率，进而影响企业的稳定发展和市场竞争力。
五、应对措施与建议
- 加强内部管理：公司应建立健全的工资支付制度，确保工资的按时足额发放。同时，加强对财务和人力资源部门的管理和监督，防止扣押工资行为的发生。
- 增强法律意识：公司应加强对劳动法律法规的学习和培训，提高管理人员的法律意识和法治观念。在遇到工资支付问题时，应依法依规处理，避免违法行为的发生。
- 积极应对投诉：若员工对工资支付提出异议或投诉，公司应积极回应并妥善处理。对于确实存在扣押工资行为的，应及时补发并支付赔偿金，以维护员工的合法权益和企业的良好形象。
总结来看，公司扣押工资将面临行政、民事乃至刑事的多重法律惩罚。因此，我建议您作为公司管理者或员工，都应严格遵守劳动法律法规，确保工资的按时足额发放。若遇到相关问题，可直接向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。