个体工商户员工发生工伤，赔偿需按法定流程进行，包括工伤认定、劳动能力鉴定，并根据是否缴纳工伤保险确定赔偿项目与责任。具体分析如下：

一. 工伤认定与劳动关系确认

1. 劳动关系确认：个体工商户与员工之间，即便未签订书面劳动合同，若存在事实劳动关系，员工在工作中受伤仍可被认定为工伤。例如，员工可通过工资支付记录、工作证明、考勤记录等证明劳动关系的存在。

2. 工伤认定申请：根据《工伤保险条例》，用人单位应在事故发生之日起30日内向当地社会保险行政部门提出工伤认定申请。若用人单位未按时申请，工伤职工或其近亲属、工会组织可在事故发生后1年内提出申请。

二. 劳动能力鉴定与伤残等级评定

1. 鉴定程序：工伤职工经治疗伤情相对稳定后，应携带相关材料至当地劳动能力鉴定委员会进行劳动能力鉴定，确定伤残等级。

2. 伤残等级：伤残等级分为十级，一级最重，十级最轻，这将直接影响赔偿金额和赔偿项目。

三. 赔偿责任与赔偿项目

1. 缴纳工伤保险：

   • 医疗费用、康复费用、住院伙食补助费、交通食宿费、辅助器具费等由工伤保险基金支付。
   • 伤残津贴、一次性伤残补助金、一次性工伤医疗补助金等也根据伤残等级由工伤保险基金支付。

2. 未缴纳工伤保险：若个体工商户未为员工缴纳工伤保险，则所有工伤赔偿费用，包括医疗费用、伤残津贴、一次性伤残补助金等，均由个体工商户承担。

四. 赔偿流程与争议解决

1. 赔偿流程：完成工伤认定和劳动能力鉴定后，双方应协商赔偿事宜。若缴纳了工伤保险，则需配合向工伤保险经办机构申请相关待遇；若未缴纳，则由个体工商户直接支付赔偿。

2. 争议解决：若协商不成，员工可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不满的，还可向人民法院提起诉讼。

我建议，在工伤处理过程中，员工应保留好所有相关证据，如医疗费用单据、交通费用单据、工伤认定决定书等，以便后续要求赔偿时使用。同时，若对赔偿流程或结果有任何疑问，应及时咨询律师以获取专业的法律意见和指导。如有进一步需要，您可以继续咨询我。