针对您提出的“员工吃公司回扣怎么处理”的问题，这是一个涉及法律、公司管理以及员工职业道德的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律层面的处理
职务侵占罪与非国家工作人员受贿罪：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，员工若利用职务便利将本单位财物非法占为己有，可能构成职务侵占罪。
- 若公司、企业或其他单位的工作人员利用职务便利，索取或非法收受他人财物并为他人谋取利益，则可能构成非国家工作人员受贿罪。
刑事责任追究：
- 一旦员工吃回扣的行为达到犯罪数额标准，公司有权向公安机关报案，由司法机关依法追究其刑事责任。
- 刑罚的轻重取决于受贿数额的大小及情节的严重程度，可能包括有期徒刑、拘役以及罚金等。
二、公司管理层面的处理
内部规章制度：
- 公司应依据内部规章制度对吃回扣的员工进行处罚，这可能包括警告、降职、辞退等。
- 规章制度应明确禁止吃回扣行为，并规定相应的处罚措施。
返还不当得利与赔偿损失：
- 公司有权要求吃回扣的员工返还不当得利，并赔偿因回扣行为导致的直接及合理间接损失。
完善监督与管理机制：
- 公司应建立健全的内部监督和管理机制，包括加强财务审计、完善采购流程等，以从源头上减少吃回扣行为的发生。
三、具体处理步骤与建议
收集证据：
- 在处理吃回扣行为前，公司应首先收集确凿的证据，证明员工确实存在吃回扣的行为。
依据规章制度处罚：
- 根据公司内部规章制度，对吃回扣的员工进行相应的处罚，如警告、罚款、降职或辞退等。
法律途径：
- 若吃回扣行为情节严重，达到犯罪数额标准，公司应向公安机关报案，依法追究其刑事责任。
加强预防与教育：
- 公司应加强对员工的职业道德教育，提高员工的法律意识和诚信意识。
- 同时，建立健全的监督机制，定期对员工的行为进行审查和监督。
四、特殊情况的处理
若员工是国有公司工作人员：
- 若员工是国有公司、企业或其他国有单位中从事公务的人员，吃回扣行为可能构成受贿罪，量刑将更为严重。
若回扣数额巨大：
- 如员工吃回扣的数额特别巨大，可能面临十年以上有期徒刑或无期徒刑的严厉处罚。
综上所述，处理员工吃公司回扣的问题需要综合考虑法律、公司管理以及员工职业道德等多个方面。公司应依法追究吃回扣员工的法律责任，同时加强内部管理，完善监督机制，以预防类似行为的发生。希望这些建议能对您有所帮助。