当行政决定被确认为违法时，处理方式主要依据相关法律法规进行，以下是对此问题的详细解答：

一、行政决定的撤销或部分撤销

若行政决定被认定为违法，司法机关有权要求撤销或者部分撤销该行政决定。这是针对行政决定本身存在严重问题，如主要事实模糊、证据不足、适用法律依据错误、违反法定程序以及越权或滥用职权等情形时采取的措施。撤销后，行政机构需要在规定期限内重新作出具体行政行为，以确保行政行为的合法性和有效性。

二、补救措施

1. 责令采取补救措施： 人民法院在确认行政行为违法后，可以责令被诉行政机关采取相应的补救措施。这些补救措施可能包括恢复原状、赔偿损失、消除影响等，旨在弥补因违法行政行为给当事人造成的损害。

2. 重新作出行政行为： 如果原有的行政决定被撤销，且需要重新作出行政行为，行政机构应在规定期限内，根据合法、合理的原则，重新作出具体行政行为。

三、赔偿责任

如果因为行政机关的违法行为造成当事人的损失，行政机关应当承担赔偿责任。这包括直接损失和间接损失，如财产损失、人身损害赔偿等。当事人有权依法向行政机关提出赔偿请求，行政机关应依法予以赔偿。

四、法律途径维护权益

1. 行政复议： 当事人对行政机关的行政决定持有异议时，有权依法申请行政复议。行政复议是行政机关内部的一种监督机制，通过复议可以纠正违法的行政行为，保护当事人的合法权益。

2. 行政诉讼： 当事人也可以选择提起行政诉讼，通过司法途径来维护自己的合法权益。在行政诉讼中，法院将依法对行政行为的合法性进行审查，并作出相应的判决。

五、特殊情况的处理

根据《中华人民共和国行政诉讼法》第五十九条的规定，如果判决撤销违法的被诉具体行政行为将会给国家利益、公共利益或者他人合法权益造成损失的，人民法院在判决撤销的同时，还可以采取以下方式处理：

1. 向被告和有关机关提出司法建议；
2. 发现违法犯罪行为的，建议有权机关依法处理。

综上所述，当行政决定被确认为违法时，行政机关应依法采取撤销或部分撤销行政决定、采取补救措施、承担赔偿责任等措施。同时，当事人也有权通过行政复议或行政诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。