行政复议决定确认违法后，被确认违法的行政行为通常会被撤销、变更或确认无效，同时申请人可依法主张赔偿或采取其他救济措施。具体处理方式需结合违法情形及申请人诉求，分以下情况说明：

1. 行政行为被撤销或变更

• 撤销违法行政行为：若复议机关认为原行政行为违法且无继续存在的必要（如行政处罚决定程序违法），会直接撤销该行为，并可能责令被申请人（原行政机关）重新作出行政行为。例如，某企业因环保处罚被撤销后，行政机关需重新调查并依法作出处罚或不予处罚的决定。
• 变更违法行政行为：若复议机关认为原行政行为违法但撤销会导致公共利益受损（如行政许可期限违法但已实际履行），可能直接变更行政行为内容。例如，将错误的行政许可期限从1年改为3年。

2. 主张行政赔偿

• 赔偿条件：若违法行政行为导致申请人财产损失或人身伤害（如错误拘留、违法查封财产），申请人可在复议决定生效后6个月内，向赔偿义务机关（原行政机关）提出赔偿请求，或直接向法院提起行政赔偿诉讼。
• 赔偿范围：包括直接损失（如被扣押物品的折旧价值）和合理间接损失（如因行政拘留导致的误工费），但精神损害赔偿需符合《国家赔偿法》特定条件（如造成严重后果）。

3. 要求恢复原状或补救措施

• 恢复原状：若违法行政行为导致申请人财产被毁损（如强制拆除违章建筑但程序违法），申请人可要求行政机关恢复原状或赔偿修复费用。
• 补救措施：若违法行政行为影响申请人权益（如未及时颁发许可证导致经营损失），行政机关可能通过补发许可、延长有效期等方式补救。

4. 追究行政机关责任

• 内部追责：复议机关或上级行政机关可能对违法行政行为的直接责任人员（如经办人、审批人）给予行政处分（如警告、记过），但需通过内部监督程序启动。
• 刑事责任：若违法行政行为构成犯罪（如滥用职权导致重大损失），司法机关将依法追究相关人员刑事责任。

5. 特殊情形处理

• 复议决定不作为执行依据：若复议决定仅确认违法但未明确撤销或变更，申请人需根据具体违法情形，向法院提起行政诉讼要求撤销原行为，或通过非诉执行程序申请强制执行。
• 复议与诉讼衔接：若申请人对复议决定不服（如认为赔偿金额过低），可在收到复议决定书之日起15日内向法院起诉，由法院对原行政行为及复议决定一并审查。

行动建议：

1. 仔细阅读复议决定书，明确违法情形及复议机关的处理意见（如撤销、变更或仅确认违法）；
   
2. 根据自身损失情况，在法定期限内向赔偿义务机关提出赔偿请求，或准备诉讼材料；
   
3. 若行政机关未履行复议决定，可向复议机关或上级行政机关申请督促执行，或直接向法院申请强制执行。
   

如有具体案件细节（如行政行为类型、违法情形等），可进一步向我说明，我将结合案例为您分析处理方案。