配合警方调查期间，公司一般不能以自离为由解除劳动合同。以下从不同角度为您详细分析：

法律角度

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位解除劳动合同的情形主要包括：

1. 劳动者过错解除：如劳动者严重违反用人单位的规章制度、严重失职或营私舞弊给用人单位造成重大损害等。但配合警方调查并不属于这些情形。
2. 非劳动者过错解除：如劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的；或者用人单位经济性裁员等。这些情形同样不涉及配合警方调查。
3. 违法解除：如果用人单位违反法律规定解除劳动合同，劳动者有权要求用人单位继续履行劳动合同或者支付赔偿金。

在配合警方调查期间，劳动者并未违反劳动合同或用人单位的规章制度，也未给用人单位造成重大损害，因此公司不能以自离为由解除劳动合同。

实际操作角度

1. 配合警方调查的性质：配合警方调查是公民应尽的义务，也是法律规定的责任。劳动者在配合调查期间，虽然可能暂时无法履行工作职责，但这并不构成自动离职或旷工。
2. 用人单位的责任：用人单位在劳动者配合警方调查期间，应当给予理解和支持，而不是以此为由解除劳动合同。如果用人单位强行解除劳动合同，可能面临法律纠纷和赔偿责任。

特殊情况处理

虽然一般情况下公司不能以自离为由解除劳动合同，但也存在一些特殊情况需要注意：

1. 劳动者明确表示不再履行劳动合同：如果劳动者在配合警方调查期间明确表示不再愿意履行劳动合同，或者通过其他方式表明了离职的意愿，那么用人单位可能可以依据相关规定解除劳动合同。但这种情况需要劳动者有明确的离职表示，并且用人单位需要能够证明这一点。
2. 劳动合同中的特别约定：如果劳动合同中有特别约定，如“劳动者在配合警方调查期间视为自动离职”等条款，那么这些条款可能因违反法律规定而无效。因为这样的条款剥夺了劳动者在配合调查期间的合法权益，也违反了法律对劳动者保护的基本原则。

建议与风险提示

1. 保留证据：劳动者在配合警方调查期间，应当保留好相关证据，如警方出具的调查通知、请假条等，以证明自己并非自动离职或旷工。
2. 与用人单位沟通：劳动者可以与用人单位进行沟通，说明自己配合警方调查的情况，并请求用人单位给予理解和支持。
3. 寻求法律援助：如果用人单位强行解除劳动合同，劳动者可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

结论：配合警方调查期间，公司一般不能以自离为由解除劳动合同。如果遇到类似情况，劳动者应当保留好相关证据，并与用人单位进行沟通。如有必要，可以寻求法律援助来维护自己的合法权益。如果您还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。