发现老板和员工存在不正当关系后，处理方式需结合具体场景和法律风险综合判断。以下是分情况的核心结论及建议：

1. 若涉及职场性骚扰或权力滥用

根据《民法典》第1010条及《妇女权益保障法》，职场性骚扰指违背他人意愿、以言语/文字/图像/肢体行为等方式实施的与性有关的侵权行为。若老板利用职权强迫员工发生关系，或通过威胁、利益交换等手段维持关系，可能构成性骚扰或权力滥用。
处理建议：

• 员工：立即保留证据（如聊天记录、录音、证人证言），向公司HR或工会投诉；若公司未处理，可向当地妇联或劳动监察部门举报，必要时提起民事诉讼要求赔偿。
  
• 公司：需启动内部调查，若查实应按规章制度处理（如警告、调岗、解雇），并承担未履行防治义务的连带责任。
  

2. 若涉及利益输送或违反公司制度

若不正当关系伴随利益交换（如晋升、加薪、项目分配等），可能违反《劳动合同法》第39条“严重违反用人单位规章制度”或《刑法》第164条“对非国家工作人员行贿罪”（若涉及财物）。
处理建议：

• 公司：需证明关系与利益输送的关联性（如财务记录、审批流程异常），按制度处理；若涉嫌犯罪，应向公安机关报案。
  
• 员工：若被诬陷，需提供反证（如工作成果、考核记录），并通过劳动仲裁维护权益。
  

3. 若仅涉及道德问题，无直接违法

若双方自愿且未影响工作公平性，法律通常不干预私人关系。但公司可通过《员工手册》等制度约束（如禁止上下级恋爱），若违反可按制度处理。
处理建议：

• 公司：需提前制定明确制度并公示，处理时需保证程序合法（如通知工会、听取申辩）。
  
• 员工：若认为处理过重，可申请劳动仲裁主张程序违法。
  

4. 若涉及第三方权益受损

例如，老板或员工的配偶因此关系提出离婚，可能涉及《民法典》第1091条“重大过错导致离婚”的赔偿问题。
处理建议：

• 配偶：可收集证据（如开房记录、亲密照片）提起离婚诉讼，要求过错方少分财产或赔偿。
  

关键提醒

• 证据保留：所有处理需以证据为基础，避免主观猜测。
  
• 程序合法：公司处理时需符合《劳动合同法》程序要求，否则可能构成违法解除。
  
• 隐私保护：调查过程中需避免泄露当事人隐私，否则可能侵犯名誉权。
  

如有具体场景或证据问题，可直接向我咨询，我会结合细节进一步分析。