员工在两个部门工作性质相同的情况下，一般不可以直接拒绝同时在两个部门工作，但需根据具体情况和劳动合同的约定来判断。以下是从不同角度进行的分析：

一、劳动合同的约定

1. 劳动合同内容：首先，需要查看员工与公司签订的劳动合同中，是否明确规定了员工的工作岗位、工作内容以及工作地点等。如果劳动合同中明确规定了员工只需在一个部门工作，那么员工有权拒绝同时在两个部门工作。
2. 变更劳动合同：如果公司希望员工同时在两个部门工作，这实际上是对劳动合同内容的变更。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，变更劳动合同应当与劳动者协商一致，并采用书面形式。因此，公司不能单方面要求员工同时在两个部门工作，除非与员工达成一致。

二、工作性质与工作量

1. 工作性质相同：虽然两个部门的工作性质相同，但员工同时承担两个部门的工作可能会增加其工作量和工作压力。如果这种增加超出了员工的能力范围或劳动合同的约定，员工有权提出异议。
2. 合理工作量：根据劳动法的原则，员工有权获得合理的工作量和工作时间。如果公司要求员工同时在两个部门工作导致工作量过大，员工可以与公司协商调整工作量或工作时间，甚至可以拒绝这种不合理的要求。

三、员工的权益保护

1. 拒绝权：在劳动合同未变更且工作量不合理的情况下，员工有权拒绝同时在两个部门工作。这是员工保护自身权益的一种方式。
2. 协商与投诉：如果员工与公司就同时在两个部门工作的问题产生争议，员工可以首先与公司进行协商。如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

四、实际操作建议

1. 查看劳动合同：员工应首先查看自己的劳动合同，了解其中关于工作岗位、工作内容和工作地点的约定。
2. 与公司沟通：如果公司提出同时在两个部门工作的要求，员工应与公司进行沟通，明确自己的立场和担忧。
3. 寻求法律帮助：如果员工与公司无法就同时在两个部门工作的问题达成一致，员工可以寻求法律帮助，如咨询专业律师或申请劳动仲裁。

总结来说，员工在两个部门工作性质相同的情况下，不可以直接拒绝同时在两个部门工作，但需根据劳动合同的约定、工作性质与工作量以及自身的权益保护来综合考虑。如果公司要求不合理或违反了劳动合同的约定，员工有权提出异议并寻求法律帮助。如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。