整个部门工作变动，员工是否可以拒绝，需视具体情况而定。以下从不同角度为你详细分析：
一、劳动合同有明确约定的情况
如果劳动合同中明确约定了员工的工作岗位、工作地点等内容，且部门工作变动涉及这些核心条款的变更，那么根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位应当与劳动者协商一致，并采用书面形式变更劳动合同。在这种情况下，如果员工不同意变更，有权拒绝部门的工作变动，并可以要求用人单位按照原劳动合同履行。
举例：假设你与公司签订的劳动合同中明确约定了你的工作岗位是销售部经理，工作地点是北京。现在公司要将你调至其他部门或地点，且未与你协商一致，那么你有权拒绝这一变动。
二、劳动合同未明确约定或约定不明确的情况
如果劳动合同中对工作岗位、工作地点等内容的约定不明确，或者虽然约定了但变更并不显著影响员工的权益，那么用人单位可能有一定的自主权来调整部门工作。不过，这种调整也应当合理，不能违反法律法规的强制性规定，也不能损害员工的合法权益。
举例：如果你的劳动合同中只约定了你的工作岗位是“员工”，没有具体说明是哪个部门，现在公司因业务需要调整部门结构，将你从A部门调至B部门，且工作内容、薪资待遇等均未发生显著变化，那么这种调整可能是合理的，你难以直接拒绝。
三、特殊情况下的部门工作变动
用人单位濒临破产进行法定整顿期间或生产经营状况发生严重困难：在这种情况下，用人单位可能需要裁员或调整部门工作以应对困境。但根据《劳动合同法》的规定，用人单位应当提前三十日向工会或者全体职工说明情况，听取工会或者职工的意见后，裁减人员方案经向劳动行政部门报告，才可以裁减人员。对于部门工作变动，虽然法律没有直接规定需要遵循同样的程序，但用人单位也应当尽量与员工协商，并保障员工的合法权益。
员工不能胜任工作：如果员工不能胜任当前的工作岗位，用人单位有权对其进行培训或者调整工作岗位。在这种情况下，如果部门工作变动是出于对员工工作能力的考虑，且调整后的工作岗位与员工的能力相匹配，那么员工应当接受这一变动。当然，如果员工认为调整后的工作岗位仍然不适合自己，可以与用人单位进一步协商或寻求法律援助。
四、法律建议
仔细审查劳动合同：首先，你需要仔细审查自己的劳动合同，看看其中是否明确约定了工作岗位、工作地点等内容，以及这些内容是否允许变更。
与用人单位协商：如果部门工作变动涉及你的核心权益，且你不同意这一变动，那么建议与用人单位进行协商，表达自己的诉求和理由。
寻求法律援助：如果协商无果，且你认为用人单位的行为违反了法律法规或劳动合同的约定，那么可以寻求法律援助或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
在整个过程中，保持冷静和理性至关重要。部门工作变动可能涉及多方面的利益调整，需要综合考虑各种因素来做出决策。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。