结论：部门合并时，员工是否有权拒绝新的工作安排，取决于合并是否导致劳动合同的实质性变更以及公司的安排是否合理。以下是对此问题的详细分析：
一、员工有权拒绝的情形
劳动合同实质性变更：
- 当部门合并导致员工的职位、工作内容、工作地点或劳动报酬等发生显著变化，且这些变化构成劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使原劳动合同无法继续履行时，员工有权拒绝这种变更。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，劳动合同的变更需经双方协商一致，并采用书面形式。若未能就变更达成一致，且用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同，但需支付经济补偿。
- 举例：若员工原本在销售部门担任销售主管，部门合并后，公司未经协商将其调至后勤部门担任普通职员，且薪资大幅降低，这种变更构成劳动合同的实质性变更，员工有权拒绝。
降职调岗的不合理安排：
- 如果用人单位借部门合并之名，对员工进行不合理的降职调岗，特别是为了达到辞退的目的，员工同样有权拒绝这种安排，并可通过法律途径维护自己的权益。
- 举例：公司为了裁员，借部门合并之名，将员工从重要岗位调至边缘岗位，且不提供合理的解释和补偿，员工可以拒绝这种不合理的安排。
二、员工无权直接拒绝的情形
内部组织架构调整：
- 如果公司部门合并仅是公司内部组织架构的调整，并未对员工的劳动合同约定的实质性条款（如工作岗位、职责、薪资等）产生影响，员工通常没有理由拒绝新的工作安排。
- 举例：公司为了优化管理结构，将两个相似的部门合并为一个，但员工的工作岗位、职责和薪资均未发生变化，员工应接受这种调整。
劳动合同的承继：
- 在公司合并或部门合并的情况下，原劳动合同通常继续有效，由合并后存续的公司或新设的公司继续履行。除非合并后的工作安排构成劳动合同的实质性变更，否则员工应接受这种安排。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，公司合并或分立时，原劳动合同继续有效，由承继其权利和义务的用人单位继续履行。
三、员工的权益保障与应对策略
了解法律法规：
- 员工应熟悉《劳动合同法》等相关法律法规，明确自己在部门合并过程中的权益和义务。
积极参与协商：
- 在部门合并前，员工应积极参与公司组织的协商会议，了解合并方案及岗位调整信息，并就劳动合同变更事宜与公司进行充分沟通。
依法维权：
- 若员工认为自己的权益受到侵害，可依据《劳动合同法》的相关规定，要求有关部门依法处理，或依法申请仲裁、提起诉讼。
- 举例：员工可以首先向公司的人力资源部门提出异议，要求公司纠正不合理的安排；若公司不予理会，员工可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求确认公司的行为违法，并要求支付相应的经济补偿。
保留证据：
- 在整个过程中，员工应保留好与部门合并、岗位调整相关的所有证据，如邮件、通知、聊天记录等，以便在需要时证明自己的权益受到侵害。
作为王爽律师，我建议你，在面对部门合并时，员工应保持冷静，了解自己的权益和公司的责任，通过合法途径解决争议。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。