周六不加班扣工资是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：

法律角度

根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者享有休息休假的权利。正常的周六属于休息日，用人单位无权强制劳动者加班。若员工拒绝在周六加班，那是他们在正当行使自己的合法权利，用人单位绝不能以此为由扣除员工工资。

具体来说，《劳动法》第四十四条明确规定了加班工资的支付标准，其中并未提及因拒绝加班而扣工资的情况。相反，它强调了用人单位在休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。这进一步证明了，因拒绝加班而扣工资的行为是违法的。

特殊工作制度角度

当然，也存在一些特殊情况。倘若用人单位与劳动者在劳动合同中约定了特殊的工作制度，如综合计算工时工作制或不定时工作制，且该制度已获得劳动行政部门的审批，那么在符合相关规定的情况下，加班及工资计算情况可能会有所不同。但即便如此，也绝不能以员工拒绝周六加班为由扣除其工资。

实际操作与建议

在实际操作中，如果用人单位因员工拒绝周六加班而扣除其工资，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 与用人单位协商：首先，员工可以尝试与用人单位进行沟通，说明自己的立场和法律依据，要求用人单位纠正错误行为。

2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。

3. 申请劳动仲裁：在投诉无果或对处理结果不满意的情况下，员工还可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的权益。

劳动者应充分了解自己的合法权益，并在遇到不法侵害时勇敢站出来维护自己的权益。同时，用人单位也应依法行事，尊重劳动者的休息权利，避免因违规行为而损害劳动者的利益。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。