行政部门败诉率高本身不一定会直接扣分，但如果在败诉后新作出的行政行为再次发生败诉，则可能会在法治建设考评中予以扣分。以下是对这一问题的详细分析：

一、败诉行政案件报告制度

根据广东省司法厅印发的通知，建立了败诉行政案件报告制度。这一制度要求行政机关在出现败诉行政案件时，需要向上一级机关报告败诉原因和整改措施。这一制度的目的是为了推动行政机关依法行政，及时掌握败诉行政案件情况，并促使行政机关从败诉中吸取教训，改进工作。然而，单纯的败诉率高并不直接导致扣分，而是要求行政机关进行报告和整改。

二、再次败诉的扣分机制

在败诉行政案件报告制度的基础上，如果行政机关新作出的行政行为再次发生败诉，那么将在法治建设考评中予以扣分。这一规定旨在强化行政机关对败诉案件的重视，促使其认真对待每一起行政诉讼，并从败诉中吸取经验教训，提升行政水平。因此，扣分机制是针对再次败诉的情况，而非单纯的败诉率高。

三、败诉率高的影响与应对

虽然败诉率高本身不直接导致扣分，但它可能反映出行政机关在行政执法、决策等方面存在的问题。这些问题可能导致行政机关在法治建设考评中受到不利影响。因此，行政机关应当重视败诉案件，深入分析败诉原因，采取有效措施进行整改，以降低败诉率，提升行政水平。

四、法律建议

1. 加强内部管理：行政机关应当加强内部管理，完善行政执法和决策程序，确保行政行为的合法性和合理性。
2. 提升法律意识：行政机关工作人员应当增强法律意识，熟悉相关法律法规，确保行政行为符合法律规定。
3. 积极应对诉讼：在面临行政诉讼时，行政机关应当积极应对，认真准备应诉材料，出庭应诉，并尊重法院的判决。
4. 建立整改机制：对于败诉案件，行政机关应当建立整改机制，深入分析败诉原因，采取有效措施进行整改，防止类似问题再次发生。