抚养权变更协议上注明孩子重大疾病的情况，并不直接决定协议的有效性，协议是否有效需综合多方面因素判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、协议有效的基本条件
双方自愿协商：
- 抚养权变更协议必须基于双方自愿、平等协商的原则达成。任何一方的胁迫、欺诈行为都将导致协议无效。在协议中注明孩子重大疾病的情况，必须是双方真实意愿的表达，且这一情况不影响双方自愿协商的前提。
意思表示真实：
- 协议中的意思表示必须真实，不存在隐瞒、误导或虚假陈述。如果一方在协议中故意夸大或隐瞒孩子的健康状况，以影响另一方的决策，那么这种协议可能是无效的。
内容合法合规：
- 协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背社会公共秩序和善良风俗。例如，不能约定因孩子重大疾病而剥夺其基本生活权利或教育权利等内容。
有利于子女成长：
- 变更抚养权的协议应以有利于子女的身心健康和成长为出发点。如果孩子患有重大疾病，协议应明确如何保障孩子的医疗需求、生活照顾以及心理支持等，以确保变更后的抚养环境更有利于孩子的成长。
二、孩子重大疾病对抚养权变更的影响
抚养方能力评估：
- 当孩子患有重大疾病时，法院或双方在协商变更抚养权时，会重点评估抚养方的抚养能力。这包括经济能力、医疗资源、时间精力等方面。如果原抚养方因孩子重大疾病而无力履行抚养义务，或者变更后的抚养方能提供更好的医疗和生活条件，那么变更抚养权可能是合理的。
孩子意愿考虑：
- 如果孩子已满八周岁，其心智相对成熟，有一定的判断能力。在协商或诉讼变更抚养权时，应充分考虑孩子的意愿。如果孩子明确表示愿意随另一方生活，且该方具备抚养孩子的能力，包括应对孩子重大疾病的能力，那么变更抚养权协议可能有效。
协议的具体内容：
- 抚养权变更协议上注明孩子重大疾病的情况，应详细说明疾病的种类、治疗情况、医疗需求以及双方如何共同承担抚养责任等。这些具体内容将影响协议的有效性和可执行性。
三、法律程序与手续
公证或法院确认：
- 双方签订变更抚养权的协议后，建议到公证处进行公证，或者到法院进行确认，以使其具有更强的法律效力。这有助于在后续可能出现的纠纷中提供明确的法律依据。特别是当协议中涉及孩子重大疾病等复杂情况时，公证或法院确认更为重要。
办理相关手续：
- 协议变更抚养权后，应及时办理相关的变更手续，如户口迁移、学籍信息更新、医疗保障转移等。这些手续对于保障孩子的合法权益和顺利接受治疗至关重要。
四、特殊情况及处理
- 如果一方在协议签订后发现对方在协议中隐瞒了孩子的重大疾病情况，或者孩子的健康状况在协议签订后发生了重大变化，影响了抚养权的履行，那么另一方可以向法院提出变更或撤销抚养权协议的申请。法院将根据具体情况进行审理，并作出是否变更或撤销抚养权的判决。
建议：在签订抚养权变更协议时，双方应充分沟通、全面考虑孩子的健康状况和抚养需求，确保协议内容真实、合法、有利于孩子成长。如果涉及孩子重大疾病等复杂情况，建议咨询专业律师以获取更具体、更准确的法律建议。如果有任何法律问题，也可以直接向我咨询。