通过法院的变更抚养权协议是有效的。下面我从几个方面详细为您解释：

1. 法律效力：

   • 法院协议抚养权具有法律效力，因为它是经过法定程序确定的，具有法律强制力。法院在充分考量子女利益等因素后，会作出判决或达成协议。
   • 只要协议符合法律规定的形式与实质要件，如双方真实意思表示且不违反法律强制性规定等，就会被认定有效。

2. 协议的有效条件：

   • 变更抚养权协议需要是双方真实意思表示，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且不损害子女的合法权益。
   • 如果存在欺诈、胁迫导致非真实意思表示，或协议内容违反法律强制性规定，如剥夺一方探视权等，此协议可能被认定无效或可撤销。

3. 法院协议变更抚养权的特殊性：

   • 在司法实践中，若双方就变更子女抚养权达成协议，且该协议满足上述有效条件，法院通常会认可其效力。
   • 通过法院以协议方式变更抚养权，往往是经过法院主持调解，双方达成一致后，法院会制作民事调解书。该调解书一经双方签收即具有法律效力，与判决书具有同等的强制执行力。

4. 法律后果：

   • 一旦法院协议变更抚养权生效，双方当事人需严格按照协议内容履行。若一方拒绝履行关于抚养权变更的约定，另一方可以凭借调解书向法院申请强制执行。

综上所述，通过法院的变更抚养权协议是有效的，且具有较强的法律效力。如果您在抚养权变更方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。