变更抚养权司法所协议在符合一定条件下是有效的。以下是对这一问题的详细分析：

1. 协议的有效性条件：

   • 真实意愿表达：变更抚养权协议必须是双方真实意愿的表达，不存在欺诈、胁迫等不良情形。如果一方以欺诈、胁迫等手段迫使对方签订协议，那么该协议可能会被认定为无效或可撤销。
   • 内容合法且不违背公序良俗：协议内容不能违反法律法规的强制性规定，也不能违背公序良俗。例如，协议约定的抚养条件不能不利于子女的成长。
   • 不损害子女合法权益：协议的签订不能损害子女的合法权益，包括身心健康、教育资源、生活环境等。

2. 协议的法律效力：

   • 当变更抚养权协议满足上述条件时，它便具备法律效力，对双方都有约束作用。如果一方不按照协议的约定履行，另一方可以向法院提起诉讼，要求对方履行。

3. 涉及子女权益重大问题时的处理：

   • 即便已经有变更抚养权协议，当涉及子女权益重大问题时，如一方存在不利于子女身心健康的情况，法院也会根据具体情况，对抚养权进行重新审查和判定。这是为了保障子女的最大利益。

4. 实际案例分析：

   • 以小朱和小李的案例为例，两人原是夫妻，育有一子。离婚时孩子抚养权归小朱。后因小朱工作繁忙无暇照顾孩子，两人协商一致签订变更抚养权协议，将孩子抚养权变更给小李。然而协议签订后，小朱却反悔，拒绝将孩子交给小李抚养。在这种情况下，如果协议是双方真实意愿的表达，内容合法且不违背公序良俗，那么该协议通常是有效的，对双方具有约束力。小朱拒绝履行协议，小李可通过起诉来维护自身权益。不过，若涉及孩子重大权益问题，如一方不利于孩子身心健康，即便有协议，法院也会重新审查判定。

综上所述，变更抚养权司法所协议在符合真实意愿表达、内容合法且不违背公序良俗、不损害子女合法权益等条件下是有效的。但需要注意的是，当涉及子女权益重大问题时，法院可能会根据具体情况进行重新审查和判定。如果您在变更抚养权协议方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。