行政处罚在违法行为被发现两年后是否还可以处理，需视具体情况而定。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情形的追诉时效
根据《中华人民共和国行政处罚法》（2021年修订）的相关规定，通常情况下，如果违法行为在两年内未被行政机关发现，那么行政机关将不再对该违法行为进行行政处罚。这里的“两年”期限是从违法行为发生之日起计算，意味着行政机关必须在违法行为发生后两年内发现并启动行政处罚程序，否则将超过追诉时效。
二、特殊情形的追诉时效延长
然而，这一两年期限并非绝对不变。在某些特定情况下，尤其是当违法行为涉及公民生命健康安全、金融安全等领域，并且造成了严重的危害后果时，追诉时效可以相应延长至五年。也就是说，如果这类违法行为在五年内被发现，行政机关仍然有权给予行政处罚。
三、超过追诉时效的法律后果
一旦超过了法定的追诉时效，行政机关将丧失对该违法行为进行行政处罚的权力。但这并不意味着违法行为人可以完全逃避法律制裁。如果违法行为导致了民事损害，受害人依然有权要求赔偿；如果违法行为严重到构成犯罪，犯罪嫌疑人还需接受刑事追究。
四、实践中的建议
对于行政机关：应及时发现并处理违法行为，避免超过追诉时效而丧失处罚权。这要求行政机关加强监管，提高执法效率，确保在法定期限内对违法行为进行查处。
对于当事人：应明白即便超过了追诉时效，如果违法行为造成了损害或犯罪，仍需承担其他相应的法律责任。因此，当事人应遵守法律法规，避免违法行为的发生。
总结来看，行政处罚在违法行为被发现两年后是否还可以处理，取决于违法行为的性质、后果以及是否超过了法定的追诉时效。如果违法行为在两年内被发现且未超过追诉时效，行政机关有权进行处罚；如果超过了追诉时效，则行政机关将丧失处罚权，但当事人仍可能面临民事赔偿或刑事追究。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。