结论：两年内已被发现的行政处罚，在第三年是否还能进行处理，需根据行政处罚的具体类型、相关法律法规的时效规定以及行政机关的执法实践来综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 行政处罚的时效性：

   • 一般规定：根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，行政处罚的时效通常为二年，即违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚。但这一规定主要针对的是“未被发现”的违法行为。若违法行为在二年内已被发现，且行政机关已启动调查程序，则时效问题通常不影响后续处理。
   • 特殊规定：对于某些特定类型的违法行为，如涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，行政处罚的时效可能延长至五年。若您的案件属于此类特殊情形，则需考虑更长的时效期间。

2. 行政机关的执法实践：

   • 调查与处理程序：行政机关在发现违法行为后，通常会启动调查程序，收集证据，并根据调查结果作出行政处罚决定。若调查程序在二年内完成，且行政处罚决定在合理期限内作出，则即使处理时间跨入第三年，也不违反时效规定。
   • 中止与中断：在调查过程中，若因法定事由（如当事人下落不明、需要等待其他案件结果等）导致调查中止或中断，时效期间可能会相应顺延。因此，即使处理时间超过二年，也可能因中止或中断事由而合法。

3. 法律后果与救济途径：

   • 行政处罚的合法性：若行政机关在第三年作出的行政处罚决定基于二年内已发现的违法行为，且符合法定程序，则该处罚决定通常是合法的。
   • 救济途径：若您认为行政处罚决定违法或不当，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。在复议或诉讼过程中，您可以就时效问题提出抗辩，但需提供充分证据证明行政机关的处理程序违法或不当。

建议：

• 若您面临的具体情况涉及复杂的法律问题或时效争议，建议直接向我咨询，以便更准确地分析案件事实和法律适用。
• 在处理行政处罚案件时，务必保留好相关证据材料，如行政机关的调查通知、处罚决定书等，以便在需要时提供证明。
• 若您对行政处罚决定不服，应及时行使救济权利，避免超过法定的复议或诉讼期限。