在编事业单位员工因病每天上半天班，是否会被扣工资，需视具体情况和单位规定而定，但一般情况下，单位不应直接扣减工资。以下从不同角度为您详细分析：

1. 法律法规层面

• 病假工资规定：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及各地实施细则，员工在医疗期内享有病假工资或疾病救济费。这些费用通常不低于当地最低工资标准的80%，具体比例可能因地区而异。对于在编事业单位员工，虽然可能不直接适用《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，但事业单位通常也有类似的病假工资或津贴制度。
• 工资支付原则：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应按时足额支付劳动者工资。除非有法定事由（如严重违反规章制度、给用人单位造成重大损失等），否则不得随意扣减工资。

2. 单位规定与合同约定

• 单位规章制度：不同事业单位可能有不同的内部规章制度，关于病假期间的工资支付、工作时间调整等。因此，是否扣减工资还需参考您所在单位的具体规定。
• 劳动合同或聘用合同：如果您的劳动合同或聘用合同中有关于病假期间工资支付的明确约定，那么应按照合同约定执行。

3. 实际操作建议

• 与单位沟通：首先，建议您与所在单位的人事部门或相关负责人进行沟通，了解单位对于病假期间工资支付的具体政策和做法。
• 保留证据：如果单位决定扣减您的工资，您有权要求单位出具书面通知，并说明扣减的依据和理由。同时，保留好相关医疗证明和病假申请等证据，以备不时之需。
• 寻求法律援助：如果单位无正当理由扣减您的工资，或者您认为单位的做法违反了法律法规或合同约定，您可以向当地劳动监察部门投诉，或者寻求专业律师的法律援助。

4. 特殊情况考虑

• 医疗期满后的处理：如果您的医疗期已满，但仍不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，那么单位可能按照相关规定解除劳动合同或聘用合同，并支付相应的经济补偿。但在此之前，单位不应随意扣减您的工资。
• 单位经济状况：虽然单位经济状况可能影响工资支付能力，但这并不构成单位随意扣减工资的合法理由。单位应通过合法途径解决经济问题，而不是将负担转嫁给员工。

总结与建议：在编事业单位员工因病每天上半天班，是否会被扣工资需结合法律法规、单位规定以及合同约定来综合判断。一般情况下，单位不应直接扣减工资。如果遇到此类问题，建议您先与单位沟通了解情况，并保留好相关证据。如有必要，可以寻求专业律师的法律援助以维护自己的合法权益。