协会公章由领导自己保管是否合法，需结合具体情况及协会章程、相关法律法规综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 协会章程规定：

   • 协会作为非营利性组织，其内部管理通常遵循协会章程。若章程中明确规定了公章的保管、使用等事项，包括公章应由特定部门或人员保管，而非领导个人，则领导自己保管公章可能违反章程规定，进而可能引发内部管理纠纷或法律责任。
   • 若章程未明确规定公章的保管方式，或规定较为模糊，则需进一步结合其他法律法规进行判断。

2. 法律法规要求：

   • 从法律法规层面看，公章作为协会的重要法律文件签署工具，其保管和使用应遵循一定的规范和程序。虽然直接针对协会公章保管的法律法规可能不多，但可以参照《民法典》中关于法人、非法人组织的相关规定，以及《社会团体登记管理条例》等行政法规中关于社会团体（包括协会）内部管理的原则性要求。
   • 一般来说，公章的保管应确保安全、规范，防止滥用或丢失。若领导自己保管公章，但能够确保公章的安全、规范使用，且不违反协会章程或其他法律法规，则可能被视为合法。然而，若领导保管公章导致公章被滥用、丢失或引发其他法律问题，则可能承担相应的法律责任。

3. 实际操作与风险防控：

   • 在实际操作中，协会公章的保管通常建议由专人负责，并建立严格的公章使用审批制度。这有助于确保公章使用的合法性和规范性，降低法律风险。
   • 若领导自己保管公章，应建立相应的监管机制，如定期审计公章使用情况、要求领导在使用公章时进行登记和审批等。这有助于确保公章使用的透明度和可追溯性。

法律建议：

• 协会应首先审查其章程，明确公章的保管和使用规定。若章程未明确规定，建议协会制定或完善相关内部管理制度，明确公章的保管责任和使用程序。
• 若领导自己保管公章，应确保公章的安全、规范使用，并建立相应的监管机制。同时，领导应意识到其保管公章可能承担的法律责任，并谨慎行使相关权力。
• 若协会对公章的保管和使用存在疑虑或争议，建议及时咨询专业律师或相关法律机构，以获取更具体的法律建议和指导。

可能法律后果：

• 若领导自己保管公章导致公章被滥用、丢失或引发其他法律问题，如未经授权签署合同、伪造文件等，则可能承担民事责任、行政责任甚至刑事责任。具体责任类型和程度需根据实际情况和法律法规进行判断。