公司与员工签订的综合工时制劳动合同是具有法律效力的。下面我将从多个角度为您详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国劳动合同法》第十七条，劳动合同应当具备的条款中明确包括了“工作时间和休息休假”。这意味着，劳动合同中关于工作时间的约定，包括综合工时制，是受到法律保护的。同时，《中华人民共和国劳动法》第三十九条也规定，企业因生产特点不能实行标准工时制度的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法，综合工时制便是其中之一。

二、综合工时制的合法性

综合工时制是一种特殊的工作时间制度，它允许企业在一定周期内（如周、月、季、年）综合计算工作时间，但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。这种制度适用于那些生产任务不均衡、需要连续作业或受季节及自然条件限制的企业。只要企业按照法定程序申请并获得劳动行政部门的批准，就可以与员工签订综合工时制的劳动合同。

三、劳动合同的效力

劳动合同是用人单位与劳动者之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。因此，只要综合工时制的劳动合同是双方协商一致、依法订立的，它就具有法律效力，双方都必须遵守。

四、注意事项

1. 程序合法：企业在实行综合工时制前，必须向劳动行政部门提出申请，并获得批准。未经批准擅自实行综合工时制的，可能面临法律责任。

2. 合同内容明确：劳动合同中应明确约定综合工时制的具体实施方式、计算周期、加班工资的计算方法等关键条款，以避免后续争议。

3. 保障劳动者权益：即使实行综合工时制，企业也应保障劳动者的休息休假权利，不得违反法律规定强迫劳动者加班或剥夺其休息时间。

法律建议：

• 如果您作为劳动者，对与公司签订的综合工时制劳动合同有疑问或担忧，建议仔细阅读合同条款，了解自己的权利和义务。
• 如果您认为公司违反了劳动合同或相关法律规定，侵害了您的合法权益，您可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。

可能后果：

• 如果企业未经批准擅自实行综合工时制，或者违反劳动合同约定侵害劳动者权益，可能面临劳动行政部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
• 劳动者也有权依法维护自己的权益，通过法律途径要求企业承担相应的法律责任。

希望以上分析能对您有所帮助。如果您还有其他法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。