针对您提出的“劳务合同约定自离有扣款吗合法吗”这一问题，我们需要从多个角度进行详细分析。
首先，自离扣工资是否合法，并非一概而论，而是取决于劳动者的自离行为是否给用人单位造成了实际损失，以及用人单位在扣除工资时是否遵循了法定程序和限额规定。
一、合法扣工资的情况
造成实际损失：
- 如果劳动者的自离行为确实给用人单位带来了实际损失，比如因未完成工作交接导致业务中断、数据丢失等，用人单位有权要求劳动者进行赔偿。
- 这种赔偿应当通过合法合理的方式进行，比如按照双方事先的约定或者依据实际损失情况来确定赔偿金额。
- 同时，在扣除赔偿金时，用人单位需遵守每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%的规定，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
劳动合同或规章制度有明确规定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了劳动者辞职需提前一定期限（如30天）书面通知用人单位，否则将承担相应责任（如扣发工资作为违约金），那么在这种情况下，如果劳动者未履行提前通知义务而擅自离职，用人单位有权根据规定扣除部分工资。
- 但这种扣除必须基于合法的规章制度和明确的合同约定，且扣除的金额和方式需符合法律法规的规定。
二、不合法扣工资的情况
无法律依据的扣款：
- 用人单位不能仅凭“自离”这一行为就随意扣除劳动者的全部或部分工资。
- 除非有明确的法律规定或合同约定，否则用人单位无权单方面决定扣除劳动者的工资。
违反法定程序的扣款：
- 即使劳动者存在过错，用人单位在扣除工资时也必须遵循法定程序。
- 例如，应事先告知劳动者扣款的原因、依据和金额，并听取劳动者的意见和申辩。未经法定程序，用人单位不得擅自扣除劳动者的工资。
三、维权途径
如果用人单位无故克扣工资，劳动者可以通过以下途径来维护自身权益：
- 协商：首先尝试与用人单位进行协商，要求足额支付工资。
- 投诉：若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位改正。
- 仲裁与诉讼：如果投诉仍未解决问题，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
四、法律依据
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”
- 《工资支付暂行规定》第十五条规定：“用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。”
综上所述，劳务合同中约定自离有扣款是否合法，取决于自离行为是否给用人单位造成了实际损失，以及扣除工资时是否遵循了法定程序和限额规定。如果用人单位无故克扣工资，劳动者有权通过协商、投诉、仲裁或诉讼等途径来维护自身权益。