结论前置：公司因员工自离而扣工资是否合法，主要取决于员工的自离行为是否给公司造成了实际损失，并且公司在扣除工资时是否遵循了法定程序和限额规定。
一、合法扣工资的情况
造成实际损失：
- 如果员工的自离行为确实给公司造成了实际损失，例如因未完成工作交接导致业务中断、数据丢失或客户流失等，公司有权要求员工赔偿。
- 赔偿金额应通过合法合理的方式确定，如按照双方事先的约定或依据实际损失情况来计算。在扣除赔偿金时，公司需遵守以下规定：
- 每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。
- 若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。
劳动合同或规章制度有明确规定：
- 如果劳动合同或公司规章制度明确规定，员工辞职需提前一定期限（如30天）书面通知公司，否则将承担相应责任（如扣发工资作为违约金）。
- 在这种情况下，如果员工未履行提前通知义务而擅自离职，公司有权根据规定扣除部分工资。但需注意，这种扣除必须基于合法的规章制度和明确的合同约定，且扣除的金额和方式需符合法律法规的规定。
二、不合法扣工资的情况
无法律依据的扣款：
- 公司不能仅凭“自离”这一行为就随意扣除员工的全部或部分工资。
- 除非有明确的法律规定或合同约定，否则公司无权单方面决定扣除员工的工资。
违反法定程序的扣款：
- 即使员工存在过错，公司在扣除工资时也必须遵循法定程序。
- 例如，应事先告知员工扣款的原因、依据和金额，并听取员工的意见和申辩。未经法定程序，公司不得擅自扣除员工的工资。
扣除后工资低于最低工资标准：
- 如果公司扣除赔偿金后，员工的剩余工资低于当地月最低工资标准，这种扣除行为是不合法的。公司应按最低工资标准支付员工工资。
三、维权途径
如果公司无故克扣工资，员工可以通过以下途径来维护自身权益：
- 协商：首先尝试与公司进行协商，要求足额支付工资。
- 投诉：若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令公司改正。
- 仲裁与诉讼：如果投诉仍未解决问题，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求支付工资及相应的经济补偿。对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
四、其他注意事项
- 无论员工是否自离，公司都应支付员工已提供劳动部分的工资。即如果员工在离职前已经为公司工作了一段时间，公司应该按照员工实际出勤的天数支付工资。
- 员工在离职时，应尽量按照公司规定和劳动合同约定履行离职手续，以避免不必要的纠纷和损失。
总结：公司因员工自离而扣工资并非一概而论地合法或不合法，而是需要根据具体情况来判断。员工和公司在处理此类问题时，都应遵循法律法规，确保双方权益得到妥善保护。如果您在工资福利方面遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。