结论前置：学校对食堂员工罚款并从工资里扣的做法是否合法，需分情况讨论。

1. 若罚款依据合法且程序合规：
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   关键点：

   • 罚款需基于员工过错（如违规操作、失职等）且造成实际经济损失；
     
   • 劳动合同或规章制度中需明确约定赔偿条款；
     
   • 扣除比例和剩余工资需符合法定标准。
     若满足上述条件，学校的做法合法。

2. 若罚款依据不合法或程序违规：

   • 无合法依据：若学校未与员工签订劳动合同，或劳动合同中未约定赔偿条款，或罚款并非因员工过错导致经济损失，则学校无权罚款。
     
   • 程序违规：即使有合法依据，若扣除比例超过当月工资的20%，或扣除后工资低于最低工资标准，亦属违法。
     
   • 罚款性质：若罚款属于“罚款权”滥用（如以管理为目的随意扣款），则违反《劳动法》中“不得克扣劳动者工资”的规定。
     若存在上述情形，学校的做法违法。

3. 特殊情形：

   • 食堂承包给第三方：若食堂由外包公司管理，员工与外包公司签订劳动合同，则学校无权直接罚款，需由外包公司按合同约定处理。
     
   • 地方性法规：部分地区可能对工资扣除有更严格的规定（如禁止以罚款形式扣工资），需结合当地政策判断。

建议：

• 员工可要求学校出具罚款依据（如损失证明、合同条款）；
  
• 若认为罚款违法，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
  
• 学校应完善管理制度，明确罚款条件、程序及限额，避免法律风险。
  

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