关于公司从工资中扣除罚款是否合法的问题，这确实是一个需要细致分析的情况。以下是我为您提供的详细解答：

一、公司直接罚款的合法性

首先，要明确的是，公司作为企业法人，并不具备行政处罚的权力。根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，只有行使国家行政权力的行政管理机关或者法律授权行使行政权力的机构才有权进行罚款等行政处罚。因此，公司直接对员工进行罚款是不合法的。

二、合法扣款的情况

尽管公司不能直接罚款，但在某些特定条件下，公司可以根据劳动合同或合法有效的规章制度对员工进行合理扣款。这些情况主要包括：

1. 规章制度明确且合理：

   • 公司有明确合法的规章制度，规定了扣款事项及标准。
   • 规章制度已经过民主程序制定，内容不违反法律法规的强制性规定，并已向员工公示或告知。
   • 扣款金额必须合理，通常每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地最低工资标准。

2. 员工造成经济损失：

   • 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，公司可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
   • 经济损失的赔偿可以从劳动者本人的工资中扣除，但需遵循上述的扣除限额和最低工资标准。

3. 基于劳动合同的约定：

   • 如果员工和公司在劳动合同中有明确约定，并且员工知晓并同意在某些特定情况下公司可以进行合理扣款，这种扣款可能被视为合法。

三、不合法扣款的情况

以下情况下的扣款行为是不合法的：

1. 无规章制度或规章制度不合法：公司没有合法有效的规章制度作为依据，或规章制度本身违法（如违反法律法规、显失公平等），则随意对员工进行罚款扣工资是违法的。

2. 罚款理由不充分、不合理：即使公司有规章制度，但罚款理由不充分、不合理（如因轻微过失而进行过重罚款），这种罚款扣工资行为也可能被认定为不合法。

3. 恶意克扣工资：公司不得以任何无理由或恶意的方式克扣员工工资，否则员工有权要求返还被扣除的工资，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

四、员工权益保护

面对不合法的罚款扣工资行为，员工可以采取以下措施来维护自身权益：

1. 与公司协商解决：首先尝试与公司沟通，要求解释罚款扣工资的理由和依据，寻求双方都能接受的解决方案。

2. 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，请求介入调查并处理。

3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：在必要时，可向当地劳动仲裁机构申请仲裁，或向法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。

总结：公司从工资中扣除罚款的合法性取决于多个因素，包括规章制度、扣款原因及扣款方式等。公司应严格遵守相关法律法规，确保行为的合法性和合理性。同时，员工也应了解自己的权益，学会在遭遇不合法扣款时采取适当的措施来维护自己的合法权益。