员工超过半小时没来且联系不上，不能直接认定为旷工。针对此问题，我们需要从以下几个方面进行分析：

一. 旷工的定义与合理性

1. 旷工的定义：我国现行法律并未对旷工作出明确概念性规定，司法实务中通常将旷工理解为“无故缺勤”。
2. 规章制度的合理性：公司规章制度中若规定“迟到半小时算旷工半天”，这样的规定在合理性上存在问题。因为一天工作时间是8小时，迟到半小时后员工仍可以工作7个半小时，忽略这部分工作付出而直接认定旷工，显然不合理。

二. 处理员工缺勤的合理步骤

1. 及时确认缺勤原因：员工未按时到岗时，公司应及时与员工联系确认缺勤原因。若无法直接联系上员工，应尝试与员工的亲属或亲近同事联络核实。
2. 评估缺勤原因的合理性：在获知员工缺勤原因后，公司应评估该原因是否具有合理性，如交通事故、家庭突发状况等。
3. 个人主观因素判断：分析缺勤原因是否由员工个人主观因素导致。
4. 员工出具情况说明：员工到岗后，应要求其出具情况说明及相关材料佐证其并非“无故”缺勤。

三. 合规建议

1. 明确旷工定义：虽然“迟到半小时视为旷工”欠缺合理性，但公司可以在规章制度中明确更长时间的缺勤视为旷工。
2. 完善考勤与请假制度：明确员工的上下班时间，完善请假审批制度，包括事后补正流程。
3. 遵循程序与留痕：在处理员工缺勤问题时，应严格遵循程序，并保存好书面沟通记录。

综上所述，员工超过半小时没来且联系不上，不能直接认定为旷工。公司应按照上述步骤处理员工缺勤问题，并确保规章制度的合理性与合法性。我建议公司在制定规章制度时，应充分考虑员工的实际情况，确保制度的合理性和人性化。如有进一步需要，您可以继续咨询我。