结论：扣罚4000元绩效工资是否合法，需根据具体情况判断，但通常情况下，若扣罚金额远超实际绩效损失或未遵循法定程序，则可能不合法。
一、从扣罚比例与合理性角度分析
扣罚比例需合理：
- 绩效工资的扣罚应当与员工的实际工作表现、造成的损失或违反的规章制度相匹配。若仅因一笔40元的绩效未达成，而扣罚4000元，显然扣罚比例过高，不符合合理性原则。
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，且每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。在此案例中，若4000元扣罚远超员工当月工资的20%，则显然不合法。
扣罚需有明确依据：
- 用人单位扣罚绩效工资，必须有明确的规章制度或劳动合同约定作为依据。若规章制度或劳动合同中未明确规定此类扣罚条款，则用人单位无权擅自扣罚。
二、从法定程序与员工权益角度分析
遵循法定程序：
- 用人单位在扣罚绩效工资前，应确保已遵循法定程序，如与员工协商、告知扣罚原因及依据等。若未遵循法定程序，则扣罚行为可能无效。
保护员工权益：
- 员工有权了解自己的工资构成及扣罚原因。若用人单位未提供充分证据证明扣罚的合理性，或扣罚行为侵犯了员工的合法权益，员工有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的权益。
三、具体建议与操作
与用人单位协商：
- 若员工认为扣罚不合理，可首先与用人单位协商，要求用人单位提供扣罚的依据及计算方式，并尝试达成和解。
申请劳动仲裁：
- 若协商无果，员工可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位撤销不合理的扣罚决定，并补发被扣罚的工资。
寻求法律援助：
- 在仲裁过程中，员工可寻求法律援助或咨询专业律师，以更好地维护自己的权益。
示例计算：
假设员工当月工资为5000元，按照《工资支付暂行规定》第十六条，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，即最多可扣除1000元。若用人单位扣罚4000元，则显然超出了法定扣除比例。
最终建议：
若您遇到类似情况，建议首先与用人单位沟通协商，了解扣罚的具体原因和依据。若协商无果，可及时向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。