公司直接罚款员工1000元，在大多数情况下是违法的。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律角度

1. 罚款权的主体限制：

   • 根据我国法律，对公民的财产行使经济处罚权的主体仅限于法律法规明确授权的行政机关、司法机关等。企业并不具备这一权利，因此无权直接对员工进行罚款。

2. 劳动关系的法律调整：

   • 劳动者与企业之间的关系主要受劳动法等社会法调整，而非简单的民事合同关系。这意味着企业不能随意对员工进行罚款，而应遵循劳动法的相关规定。

二、公司处罚的合法措施

1. 行政处分：

   • 根据《企业职工奖惩条例》（虽已废止，但相关精神仍具参考价值），单位可对职工实施警告、记过、记大过、降级、撤职、留用察看、开除等处分。这些处分措施应基于员工的具体违规行为和公司规章制度的规定来执行。

2. 经济处罚的替代方式：

   • 由于企业并不具备直接罚款的权利，因此不建议采用罚款作为处罚手段。相反，企业可以通过扣除绩效奖金、调整岗位、降低薪资等级（需符合劳动合同及公司规章制度）等方式来体现对员工的处罚。

三、员工应对公司非法罚款的措施

1. 了解法律法规：

   • 员工应了解我国关于企业罚款权的相关法律法规，明确企业并无直接罚款的权利。

2. 查看公司规章制度：

   • 检查公司内部的规章制度，看是否有关于罚款的明确规定。如果规章制度中存在非法罚款的条款，员工可以提出异议。

3. 与公司沟通协商：

   • 在了解相关法律法规和公司规章制度的基础上，员工可以与公司管理层进行沟通协商，表达自己对非法罚款的不满和诉求。

4. 寻求法律援助或投诉：

   • 如果沟通协商无果，员工可以寻求法律援助或向劳动监察部门投诉举报，以维护自己的合法权益。

5. 保留证据：

   • 在整个过程中，员工应注意保留相关证据，如罚款通知、工资单、聊天记录等，以便在需要时提供证明。

四、特殊情况说明

• 劳动合同或规章制度约定：

  • 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了某些违规行为对应的经济处罚措施，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可能在一定程度上有权对员工进行经济处罚。但这种情况较为特殊，且处罚措施必须合理合法。

• 员工造成重大损失：

  • 如果员工因故意或重大过失给公司造成了重大损失，公司有权要求员工承担赔偿责任。但这种赔偿责任与罚款是不同的，赔偿责任是基于员工的行为给公司造成的实际损失来确定的，而罚款则是一种惩罚性的措施。

总结与建议：

公司直接罚款员工1000元在大多数情况下是违法的。如果员工遭遇公司非法罚款的情况，应了解相关法律法规、查看公司规章制度、与公司沟通协商、寻求法律援助或投诉举报，并保留相关证据。同时，建议公司在制定规章制度时遵循法律法规的规定，通过合法途径对员工进行处罚。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。