公司直接对公司本身进行“罚款”这一表述在常规语境下并不常见，因为公司作为一个法人实体，并不存在被自身“罚款”的情况。但如果问题实际想问的是公司对员工进行罚款是否违法，那么可以明确回答：在大多数情况下，公司直接对员工进行罚款是违法的。以下从多个角度进行分析：

一、法律依据与罚款性质

1. 《中华人民共和国行政处罚法》：该法明确规定，罚款是行政处罚的种类之一，只能由行使国家行政权力的行政管理机关或者法律授权行使行政权力的机构在法定职权范围内行使。公司并非行政执法机关，因此没有罚款权限。

2. 《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》：这些法律法规强调，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。罚款涉及到剥夺公民的财产权，公司无权以此方式处罚员工。

二、公司罚款的合法性分析

1. 公司规章制度的限制：虽然公司有权依法制定规章制度，对员工的违规行为进行管理和处罚，但这并不包括罚款。公司规章制度中关于罚款的规定是无效的，不能作为处罚员工的依据。

2. 员工违规行为的合法处理：

   • 如果员工的行为给公司造成了经济损失，公司可以依据劳动合同的约定要求员工赔偿，但赔偿金额应以实际损失为限，并从员工本人的工资中合理扣除，且扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 公司还可以通过警告、记过、降级、撤职等合法手段处理员工的不当行为，以维护公司的正常运营和管理秩序。

3. 特殊情况下的扣减工资：在劳动合同中有明确约定，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，同时公司制定的相关规章制度经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）并已向员工公示告知的情况下，员工违反约定或制度规定时，公司依约扣减工资可能具有一定合理性。但这种扣减本质上不能简单等同于行政罚款，且扣减金额应有限制，不得影响员工的基本生活保障。

三、公司应如何合法管理员工

1. 约定赔偿：公司可以在劳动合同中明确约定员工未完成劳动定额或承包任务，或者因员工原因给公司造成损失时的处理方式，包括要求员工赔偿因此造成的损失，但赔偿的扣除需遵守法律规定。

2. 内部规章制度：公司应建立合法且合理的内部规章制度或企业奖惩制度，对员工的违规行为进行处罚，如警告、记过、降级、撤职等。这些处罚措施不能侵犯员工的合法权益，且应经过民主程序制定并公示告知员工。

四、员工权益保护

如果劳动者认为公司的罚款或其他处罚行为侵害了自身权益，可以采取以下措施维护自己的合法权益：

1. 与公司协商解决：首先尝试与公司进行沟通协商，寻求合理的解决方案。

2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。

3. 申请劳动仲裁：如果投诉仍未解决问题，劳动者可以向公司所在地的劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的权益。

综上所述，公司直接对员工进行罚款在大多数情况下是违法的。公司应当遵守相关法律法规，依法处理员工的违规行为，并通过合法的手段维护公司的管理秩序和员工的合法权益。如果公司有相关法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。