当您发现用人单位试图以合作协议来掩盖实际的劳动关系时，您完全有权通过法律途径来维护自己的合法权益。以下是一些详细的步骤和建议，帮助您处理这种情况：

一、明确法律关系

首先，需要明确的是，劳动关系与合作协议属于不同的法律关系。即使双方签订的是合作协议，但如果协议内容实际上具备劳动关系的特征，如您接受用人单位的管理、按照其安排从事有报酬的劳动等，那么这份协议很可能被认定为劳动关系。

二、收集证据

为了证明实际存在劳动关系，您需要收集一系列证据。这些证据可以包括：

1. 工作记录：详细记录您每日的工作内容、完成的项目等，以证明您确实在为用人单位提供劳动。
2. 工资发放凭证：如银行转账记录、工资条等，这些可以证明您从用人单位处获得了报酬。
3. 考勤记录：如打卡记录、签到表等，这些可以证明您的工作时间和出勤情况。
4. 其他证据：如与用人单位管理人员的沟通记录、工作证等，这些也可以作为证明劳动关系的辅助证据。

三、向劳动争议仲裁机构申请仲裁

在收集到足够证据后，您可以向当地的劳动争议仲裁机构申请仲裁，要求确认您与用人单位之间存在劳动关系。仲裁机构会对您的申请进行审查，并根据证据情况作出裁决。

四、对仲裁结果不服的，可向法院提起诉讼

如果您对仲裁结果不服，可以在规定期限内向法院提起诉讼。在诉讼过程中，您需要继续提供证据来支持自己的主张。法院会对案件进行审理，并根据事实和法律规定作出判决。

五、起诉要点

在起诉时，您需要明确自己的诉讼请求，例如确认劳动关系、要求支付未签订劳动合同的双倍工资等。同时，您需要注意诉讼时效一般为一年，从您知道或应当知道自身权利被侵害之日起开始计算。

六、寻求专业帮助

由于法律程序可能比较复杂，如果您在处理过程中遇到困难或不确定如何操作，可以寻求专业律师的帮助。律师可以为您提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助您更好地维护自己的合法权益。

总之，当您发现用人单位试图以合作协议来掩盖劳动关系时，不要慌张或放弃维权。通过收集证据、申请仲裁、提起诉讼等法律途径，您可以有效地维护自己的合法权益。