关于您提出的“自行缴纳社保申请书协议是否合法有效”的问题，我可以明确地告诉您，此类协议通常不具有法律效力。

首先，我们需要明确的是，社会保险具有强制性，这是由《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国社会保险法》所明确规定的。缴纳社会保险费不仅是用人单位的法定义务，同时也是劳动者的法定义务。这意味着，无论是劳动者单方面放弃，还是与用人单位双方达成合意免缴社保，都不能对抗法律的强制性规定。

具体来说，如果员工签署了自愿放弃公司为其缴纳社保或类似免缴社保的协议，这种协议会因为违反法律的强制性规定而无效。它不能免除用人单位缴纳社保费用的法定义务及相应的法律责任。换句话说，即使员工签署了这样的协议，用人单位仍然需要按照法律规定为员工缴纳社会保险费。

此外，签署类似免缴社保的协议还可能引发一系列纠纷。例如，如果劳动者发生工伤，或者出现依照法律规定应享受失业、生育、医疗保险待遇的情形，由于用人单位未依法缴纳社会保险费，劳动者可以请求用人单位全额支付上述待遇或者赔偿金。同时，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位未依法为劳动者缴纳社会保险费的，劳动者还可以主张解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿金。

最后，企业以各种形式逃避为员工缴纳社保，还会面临一系列的处罚和法律责任。这包括但不限于被社会保险行政部门责令限期改正、加收滞纳金、处以罚款等。在严重的情况下，社会保险费征收机构还可以申请人民法院扣押、查封、拍卖企业的财产以抵缴社会保险费。

因此，我建议您不要签署此类自行缴纳社保的申请书或协议，而是应该依法履行自己的义务，确保自己的社会保险权益得到保障。如果您有任何关于社会保险的疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询相关部门或专业人士。