商铺租赁合同中注明双倍违约金通常是合法的，但需遵循一定的限制条件。以下从不同角度为您详细分析：
合法性基础
根据《民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。在商铺租赁合同中，双方约定双倍违约金，本质上是对违约行为可能造成的损失的一种预先估算和补偿方式，只要这种约定是双方真实意思的表示，且不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，通常会被认定为有效。
限制条件
公平合理原则：违约金的数额应当遵循公平合理原则，避免过高或过低。如果约定的双倍违约金过分高于实际造成的损失，违约方有权请求人民法院或仲裁机构适当减少。反之，如果约定的违约金低于实际造成的损失，守约方也有权请求增加。
实际损失为基础：在判断违约金是否过高或过低时，一般以实际损失为基础，兼顾合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等综合因素，根据公平原则和诚实信用原则予以衡量。
实际操作建议
明确约定：在签订商铺租赁合同时，双方应明确约定违约金的数额或计算方法，以及在何种情况下适用双倍违约金。这有助于减少后续争议，保障合同的顺利履行。
合理评估损失：在约定双倍违约金时，双方应合理评估违约行为可能造成的损失，确保违约金的数额既不过高也不过低。如果无法准确评估损失，可以考虑约定一个相对合理的违约金范围，或者约定在违约发生后由双方协商确定违约金的数额。
及时调整：在合同履行过程中，如果发现约定的双倍违约金过高或过低，双方应及时协商调整。如果无法达成一致意见，可以寻求法律途径解决。
可能的法律后果
如果商铺租赁合同中约定的双倍违约金合法且合理，当一方违约时，另一方有权要求违约方支付双倍违约金作为经济补偿。然而，如果违约金过高或过低，且双方无法协商一致，可能会引发法律纠纷。在这种情况下，法院或仲裁机构会根据实际情况和公平原则来判定违约金的合理性，并作出相应的裁决。
总结来说，商铺租赁合同中注明双倍违约金在合法且合理的前提下是有效的。但为了避免后续争议和法律风险，双方在签订合同时应明确约定违约金的数额或计算方法，并遵循公平合理原则。如果您在商铺租赁过程中遇到任何法律问题，欢迎随时向我咨询。