核心结论：若法院已判决肇事者承担保险公司不认部分的赔偿责任，您可通过申请强制执行来要回款项；若判决未明确该部分责任，则需根据具体情况采取协商、补充证据申请再审等措施。以下是具体分析：
一、法院已判决肇事者承担保险公司不认部分的赔偿责任
判决生效后的执行程序：
- 当法院判决肇事者需承担保险公司不予赔偿的部分费用时，该判决即具有法律效力。
- 若肇事者未在规定期限内履行判决，您可向法院申请强制执行。
- 强制执行过程中，法院有权查封、扣押、拍卖肇事者的财产以清偿债务。
执行步骤：
- 准备执行申请书及相关证据材料，如判决书、生效证明等。
- 向法院立案庭提交执行申请，并缴纳执行费用。
- 法院受理执行申请后，会向肇事者发出执行通知书，责令其限期履行。
- 若肇事者逾期未履行，法院将采取强制执行措施。
二、法院未判决肇事者承担保险公司不认部分的赔偿责任
分析判决原因：
- 若法院未判决肇事者承担保险公司不认部分的费用，可能是因为证据不足、法律适用问题或判决认为该部分费用不属于肇事者的赔偿范围。
- 您需要仔细审查判决书，了解法院未判决该部分费用的具体原因。
采取的措施：
- 协商解决：尝试与肇事者协商，看其是否愿意自愿承担部分或全部费用。
- 补充证据申请再审：如果您认为法院判决存在错误，且您有新的证据能够证明肇事者应承担该部分费用，可在规定期限内向法院申请再审。
- 寻求其他法律途径：如通过调解、仲裁等方式解决争议，但需注意这些方式可能不具有强制执行力。
三、注意事项
- 保留证据：在整个过程中，务必保留好所有与交通事故相关的证据材料，如医疗费发票、交通费票据、误工证明等。
- 及时行动：一旦发现肇事者未履行判决或协商无果，应及时向法院申请强制执行或采取其他法律措施，以免超过诉讼时效。
- 咨询专业意见：在处理此类复杂法律问题时，建议咨询有经验的律师以获取更专业的指导和帮助。
在处理交通事故法院判决后的赔偿问题时，请务必保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。