协查函是否算在行政履职答复期限内，需结合具体情况判断，一般而言，若协查函是行政履职过程中的必要环节且法律有明确规定，则应计入答复期限；若无明确规定，则需根据行政效率原则和实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、协查函作为行政履职必要环节的情况
法律有明确规定：
- 若相关法律法规明确规定，行政机关在履行职责过程中需通过协查函获取必要信息，且该协查函的回复是作出行政决定的前提，那么协查函的处理时间通常应计入行政履职的答复期限内。
- 例如，在税务稽查中，税务机关可能需向其他部门或单位发送协查函以获取纳税人的相关信息，若法律明确规定该协查函的回复时间应计入税务稽查的整个处理期限，则税务机关需在此期限内完成协查并作出相应决定。
行政程序要求：
- 在某些行政程序中，协查函可能是不可或缺的一环。若行政程序明确要求行政机关在收到协查函回复后才能继续后续程序，那么协查函的处理时间也应视为行政履职的一部分，并计入答复期限。
二、协查函非行政履职必要环节或法律无明确规定的情况
行政效率原则：
- 若协查函并非行政履职的必要环节，或法律未明确规定其处理时间应计入答复期限，那么行政机关在处理协查函时应遵循行政效率原则，尽快完成协查并回复，但此时间通常不计入行政履职的法定答复期限内。
- 行政机关应合理安排时间，确保在不影响其他行政职责履行的情况下，高效处理协查函。
实际情况判断：
- 在实际操作中，是否将协查函的处理时间计入行政履职答复期限内，还需根据具体情况判断。例如，若协查函涉及的事项紧急且重要，行政机关可能会优先处理并尽快回复，即使法律未明确规定其处理时间。
- 反之，若协查函涉及的事项相对次要，且行政机关面临其他更紧迫的任务，那么协查函的处理时间可能会相对延长，且不一定计入行政履职的答复期限内。
三、法律建议
明确法律规定：
- 行政机关在处理协查函时，应首先查阅相关法律法规，明确协查函的处理时间是否应计入行政履职的答复期限内。
遵循行政程序：
- 若法律有明确规定，行政机关应严格遵循行政程序，确保在法定期限内完成协查并作出相应决定。
提高行政效率：
- 无论法律是否明确规定，行政机关都应遵循行政效率原则，尽快处理协查函并回复，以维护行政机关的公信力和效率。
咨询专业律师：
- 若对协查函的处理时间是否应计入行政履职答复期限内有疑问，行政机关可咨询专业律师以获取准确法律意见。不过，您现在就可以直接向我咨询，我会结合您的具体情况给出专业的法律建议。
在实际操作中，行政机关应根据法律法规、行政程序以及实际情况来综合判断协查函是否应计入行政履职的答复期限内。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。