在行政执法案件中，协查函是否算在立案时限内，无法一概而论，需根据具体情势、法律法规及案件特殊性进行全面考量。以下从不同角度进行分析：
一般原则：
- 在行政执法领域，协查函所占用之时间是否应当被计入立案时限，并没有一个统一的、绝对的标准。它往往取决于协查的具体原因、协查的复杂程度以及是否经过了合法的审批程序对立案时限进行了适当延长。
法律法规依据：
- 参照《市场监管执法稽查案件协助调查管理规定》及《市场监督管理行政处罚程序规定》等相关法规，协查通常是在办理行政处罚案件（即立案后）的环节中进行的。这些规定暗示了协查是在案件已经立案后，作为案件调查的一部分而展开的，但并未直接说明协查时间是否计入立案时限。
- 实际上，行政执法中的立案时限和协查时间的关系，更多地是受到具体行政程序法规和案件处理实际需要的调整。例如，如果协查是因为跨地区协作、需要协调众多资源等特殊原因而引发的，并且经过了合法审批程序对立案时限进行了适当延长，那么这部分协查时间可能不会被计入原始的立案时限内。
实际操作中的考量：
- 在实际操作中，行政执法机关会根据案件的实际情况和需要，灵活处理协查时间与立案时限的关系。如果协查是案件调查过程中不可或缺的一部分，且对案件的公正处理有重要影响，那么行政执法机关可能会考虑将协查时间合理地纳入立案时限的考量范围内。
- 另一方面，如果协查是因为非案件本身的原因（如行政机关内部的协调问题、资源分配问题等）而引发的，且对案件的实质处理没有直接影响，那么这部分协查时间可能不会被计入立案时限。
法律建议：
- 对于行政执法机关而言，在处理涉及协查的行政执法案件时，应明确协查的目的、范围和时限，并尽可能在合法的范围内对立案时限进行合理调整，以确保案件的公正、高效处理。
- 对于当事人而言，如果对行政执法机关在处理案件过程中的协查时间或立案时限有疑问或异议，可以及时向行政执法机关提出询问或申请复议，以维护自己的合法权益。
如果有任何关于行政执法案件的具体问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。