结论：公司要求员工周六日休息，工资只按出勤天数算的做法，在大多数情况下是不合理的，具体是否合理需结合劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规进行综合判断。
一、从劳动合同角度分析
劳动合同的约定：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同应当明确约定工作内容、工作地点、工作时间和休息休假、劳动报酬等事项。
- 如果劳动合同中明确规定了员工的月工资为3000元，且未约定按出勤天数计算工资，那么公司单方面改变工资计算方式，仅按出勤天数算工资，可能构成违约。
工资计算方式的变更：
- 即使劳动合同中未明确规定工资计算方式，但公司如果想要变更工资计算方式（如从月薪制变为日薪制），也需要与员工协商一致，并签订书面的变更协议。
- 未经员工同意，公司单方面改变工资计算方式，可能侵犯员工的合法权益。
二、从公司规章制度角度分析
规章制度的合法性：
- 公司制定的规章制度应当符合法律法规的规定，且不得与劳动合同相抵触。
- 如果公司的规章制度中规定了按出勤天数计算工资，但该规定违反了法律法规或劳动合同的约定，那么该规定可能无效。
规章制度的民主程序：
- 根据《劳动合同法》的规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果公司未按照民主程序制定或修改规章制度，那么该规章制度可能对员工不产生约束力。
三、从相关法律法规角度分析
最低工资标准：
- 根据《劳动法》的规定，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
- 如果公司按出勤天数计算工资，导致员工在某些月份（如请假较多）的工资低于当地最低工资标准，那么公司的做法可能违法。
休息日工资：
- 根据《劳动法》的规定，劳动者在休息日（如周六日）工作且不能安排补休的，用人单位应当支付不低于工资百分之二百的工资报酬。
- 如果公司要求员工周六日休息，但按出勤天数计算工资时未考虑休息日的工资报酬，那么公司的做法可能违法。不过，若员工周六日确实未工作，且公司已按照正常出勤天数支付了工资（即未因休息日而扣减工资），则这种情况不涉及休息日工资的支付问题。但关键在于，若劳动合同或规章制度中未明确约定按出勤天数计算工资，且员工对此有异议，则公司的做法可能仍被视为不合理。
四、建议与措施
与公司协商：
- 员工可以与公司进行协商，要求公司按照劳动合同的约定或相关法律法规的规定支付工资。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资或恢复原来的工资计算方式。
寻求法律援助：
- 在申请劳动仲裁或提起诉讼前，员工可以咨询专业律师（如我）的意见，以便更好地维护自己的合法权益。
总结：公司要求员工周六日休息，工资只按出勤天数算的做法，在大多数情况下是不合理的。员工应当仔细审查劳动合同和公司规章制度的相关条款，并了解相关法律法规的规定。如有必要，可以寻求专业律师的帮助来维护自己的合法权益。如果您有任何法律问题，可以直接向我咨询。