结论：做六休一的情况下，公司按照31天出勤核算工资是否合法，需分情况讨论，具体如下：
若公司实行的是标准工时制：
- 法律背景：根据《劳动法》及相关规定，标准工时制下，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时，且应保证劳动者每周至少休息1日。若公司安排做六休一，但总工作时间未超过法定上限，且已安排补休或支付加班费，则可能合法。然而，在计算工资时，应按照劳动者实际出勤天数（扣除休息日）及加班情况来核算，而非简单地按31天出勤计算。
- 法律建议：若公司未按照实际出勤天数及加班情况核算工资，而是直接按31天出勤计算，这可能侵犯了劳动者的合法权益。劳动者有权要求公司按照实际出勤天数及加班情况重新核算工资，并支付相应的加班费。
若公司实行的是综合计算工时制或不定时工时制：
- 法律背景：在综合计算工时制下，公司可以按照一定周期（如周、月、季、年）综合计算工作时间，但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。在不定时工时制下，公司无需按照标准工时制来安排工作和休息时间，但应确保劳动者平均每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。在这两种工时制下，工资的核算方式可能因公司具体规定而异，但同样应遵循公平、合理的原则。
- 法律建议：即使公司实行的是综合计算工时制或不定时工时制，也不能简单地按31天出勤来核算工资。公司应根据劳动者的实际出勤情况、加班情况以及公司内部的工资核算规定来合理确定工资数额。若劳动者对工资核算方式有疑问或不满，有权向公司提出异议，并要求公司进行解释和调整。
额外提醒：
- 无论公司实行何种工时制，都应确保劳动者的休息权得到保障。若公司长期安排劳动者做六休一且未支付加班费或未安排补休，这可能构成违法行为。
- 劳动者在遇到工资核算问题时，应首先与公司进行沟通协商，尝试通过友好方式解决问题。若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
示例说明：
假设某公司实行标准工时制，劳动者每月应出勤21.75天（根据法定月计薪天数计算）。若公司安排劳动者做六休一，但实际出勤天数超过21.75天，则超出部分应视为加班，公司应支付加班费。若公司直接按31天出勤来核算工资，且未支付加班费，则劳动者的月工资计算方式可能如下（假设月工资为5000元）：
- 错误计算方式：\(5000元 \div 31天 \times 实际出勤天数\)（这种方式未考虑加班费）
- 正确计算方式：\(5000元 \div 21.75天 \times 正常出勤天数 + 加班费\)（加班费根据加班时长和法定标准计算）
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