结论：两人合伙开的公司，一人退出后双方签订协议约定每年给退出方5万元，这一约定本身并不直接违法，但其合法性及有效性需根据具体情况判断，包括协议内容是否合法、是否双方真实意思表示、是否违反强制性规定等。
合法性分析
协议内容合法性：
- 协议中约定的每年支付5万元给退出方，这一条款本身并不违反法律的强制性规定。只要该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且是双方真实意思表示，那么该条款在法律上就是有效的。
双方真实意思表示：
- 协议的有效性还取决于双方是否在平等、自愿的基础上达成一致。如果退出方和继续经营方均是在充分了解协议内容并自愿签署的情况下，该协议对双方均具有约束力。
不违反强制性规定：
- 协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，如果协议中约定的支付方式或金额涉及非法活动（如洗钱、行贿等），则该条款无效。但在此案例中，每年支付5万元给退出方并不直接涉及此类非法活动。
可能的法律后果及建议
协议履行问题：
- 如果继续经营方未按照协议约定每年支付5万元给退出方，退出方有权依据协议向法院提起诉讼，要求继续经营方履行支付义务。
协议变更或解除：
- 如果双方在协议履行过程中出现争议或需要变更协议内容，应协商一致并签订书面变更协议。如果无法协商一致，任何一方均有权向法院提起诉讼，请求法院判决变更或解除协议。
建议：
- 在签订此类协议时，建议双方明确约定支付方式、支付时间、违约责任等条款，以避免未来可能出现的争议。
- 同时，双方应保留好协议原件及相关支付凭证，以备不时之需。
特殊情况考虑
- 公司经营状况：如果公司经营状况不佳，继续经营方可能无法按时支付5万元给退出方。此时，双方应协商解决支付问题，如调整支付金额、支付时间等。
- 协议无效情形：如果协议存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形，导致一方在违背真实意思的情况下签署协议，那么受损害方有权请求法院撤销协议。
总结：两人合伙开的公司一人退出后双方签订协议约定每年给退出方5万元，这一约定在法律上并不直接违法。但其合法性及有效性需根据协议内容是否合法、是否双方真实意思表示、是否违反强制性规定等具体情况来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。