不定时工作制未备案的情况下，工资方案是否有效需分情况讨论：

1. 若工资方案本身合法且不依赖备案

• 结论：工资方案可能仍然有效，但需满足其他法定条件。
• 分析：
  • 根据《工资支付暂行规定》，工资方案需符合最低工资标准、同工同酬等基本原则。若方案内容合法（如明确计薪方式、加班费计算标准等），即使未备案，也不直接导致无效。
  • 例外：若地方性法规或规章明确要求不定时工作制必须备案后工资方案才生效，则未备案可能导致方案部分或全部无效。例如，部分地区可能规定“未备案的工时制度不得作为工资计算依据”。

2. 若工资方案依赖备案作为生效要件

• 结论：工资方案可能无效，用人单位需承担不利后果。
• 分析：
  • 根据《劳动法》及相关规定，不定时工作制需经劳动行政部门审批（备案）。若未备案，用人单位可能被认定为“未依法实行特殊工时制度”，此时工资方案中关于加班费、休息日工资等条款可能因缺乏合法依据而被否定。
  • 实践案例：部分法院在判决中明确，未备案的不定时工作制下，劳动者仍有权主张标准工时制下的加班费（如每天工作超过8小时、每周超过40小时的部分）。

3. 法律后果与风险

• 用人单位风险：
  • 行政处罚：劳动行政部门可能责令改正，并处以罚款（如《劳动保障监察条例》第30条）。
  • 民事赔偿：劳动者可能主张工资方案无效，要求补发加班费、经济补偿等（如以标准工时制计算差额）。
• 劳动者权利：
  • 可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求确认工资方案无效并主张权益。

4. 实务建议

• 用人单位：
  1. 立即补办不定时工作制备案手续，确保工时制度合法。
  2. 修订工资方案，明确符合法定标准的计薪方式（如加班费基数、计算比例等）。
  3. 与劳动者协商一致，签订书面协议确认工资方案内容。
• 劳动者：
  1. 保留工资条、考勤记录等证据，证明实际工作时间。
  2. 若发现未备案且工资方案违法，可依法主张权益（如补发工资、经济补偿）。

总结：不定时工作制未备案不直接导致工资方案无效，但可能因缺乏合法依据而被否定部分条款。建议用人单位尽快补办手续，劳动者注意留存证据以维护权益。如有具体争议，可进一步向我咨询。